Basic Information

Symbol
CDH10
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 10 Cadherin-10 T2-Cadherin Cadherin 10, Type 2 (T2-Cadherin) Cadherin 10 Type 2
Location (GRCh38)
5:24487099-24644978
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006727.5
Sequence length
3438.0 nt
GC content
0.4124

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-894.44 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -958.18 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 838.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317222.2 NCBI
ACUUGCAAAUCGCUGUGUGCUCGCAGAAGCCAGCACUUCCACAGUCUCU… 3301 nt 0.4141
NM_001317224.2 NCBI
ACUUGCAAAUCGCUGUGUGCUCGCAGAAGCCAGCACUUCCACAGUCUCU… 3432 nt 0.4129
NM_001362460.1 NCBI
ACUUGCAAAUCGCUGUGUGCUCGCAGAAGCCAGCACUUCCACAGUCUCU… 3077 nt 0.4079
NM_006727.5 NCBI
ACUUGCAAAUCGCUGUGUGCUCGCAGAAGCCAGCACUUCCACAGUCUCU… 3438 nt 0.4124
Summary

This gene encodes a type II classical cadherin of the cadherin superfamily. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. At least one of these variants encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature cadherin protein. These integral membrane proteins mediate calcium-dependent cell-cell adhesion and are composed of a large N-terminal extracellular domain, a single membrane-spanning domain, and a small, highly conserved C-terminal cytoplasmic domain. The extracellular domain consists of 5 subdomains, each containing a cadherin motif, and appears to determine the specificity of the protein's homophilic cell adhesion activity. Type II (atypical) cadherins are defined based on their lack of a histidine-alanine-valine (HAV) cell adhesion recognition sequence specific to type I cadherins. This particular cadherin is predominantly expressed in brain and is putatively involved in synaptic adhesions, axon outgrowth and guidance. Mutations in this gene may be associated with lung squamous cell carcinoma and colorectal cancer in human patients. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in human traumatic brain injury (TBI) patients identified CDH10 as a potential biomarker, showing it was part of multiple lncRNA-mRNA co-expression pairs within the differentially expressed network [Yang et al. DOI:10.4103/1673-5374.247467]. Specifically, the CDH10 was positively correlated with lncRNAs n340484 and n338875 and negatively correlated with lncRNA ENST00000441293 in the constructed network, indicating its involvement in the transcriptional response to TBI.