Basic Information

Symbol
CDH11
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 11 CAD11 OB Cadherin 11, Type 2, OB-Cadherin (Osteoblast) OB-Cadherin Cadherin-11 OSF-4 Osteoblast Cadherin CDHOB TBHS2 ESWS
Location (GRCh38)
16:64943753-65126112
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001797.4
Sequence length
6722.0 nt
GC content
0.4299

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1937.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2069.06 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1884.68
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001308392.2 NCBI
AUUCCGCGGCCGCCGCCAGCUGAGGGGAGCGUCGCGGGCCGAGGAGCAG… 6901 nt 0.4304
NM_001330576.2 NCBI
AUUCCGCGGCCGCCGCCAGCUGAGGGGAGCGUCGCGGGCCGAGGAGCAG… 6322 nt 0.4185
NM_001797.4 NCBI
AUUCCGCGGCCGCCGCCAGCUGAGGGGAGCGUCGCGGGCCGAGGAGCAG… 6722 nt 0.4299
Summary

This gene encodes a type II classical cadherin from the cadherin superfamily, integral membrane proteins that mediate calcium-dependent cell-cell adhesion. Mature cadherin proteins are composed of a large N-terminal extracellular domain, a single membrane-spanning domain, and a small, highly conserved C-terminal cytoplasmic domain. Type II (atypical) cadherins are defined based on their lack of a HAV cell adhesion recognition sequence specific to type I cadherins. Expression of this particular cadherin in osteoblastic cell lines, and its upregulation during differentiation, suggests a specific function in bone development and maintenance. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selection for ethanol preference significantly altered gene expression networks in the nucleus accumbens shell, with the greenyellow coexpression module enriched for receptor signaling genes and showing reduced connectivity in low-preference lines [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367]. In a separate investigation, chronic cocaine exposure and withdrawal in mice induced profound transcriptomic changes in the nucleus accumbens, with sustained alterations in cadherin and protocadherin expression, including specific cadherins implicated in synaptic signaling pathways [Eipper-Mains et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2012.00873.X].