Basic Information

Symbol
CDH13
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 13 CDHH T-Cadherin H-Cadherin (Heart) Heart Cadherin Cadherin-13 T-Cad P105 Cadherin 13, H-Cadherin (Heart) Truncated Cadherin H-Cadherin
Location (GRCh38)
16:82626965-83800640
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001257.5
Sequence length
7876.0 nt
GC content
0.4289

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2185.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2335.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1913.10
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001220488.2 NCBI
AUUUGGGAAGUUGGCUGGCUGGCGAGGCAGAGCCUCUCCUCAAAGCCUG… 7982 nt 0.4311
NM_001220489.2 NCBI
AUUUGGGAAGUUGGCUGGCUGGCGAGGCAGAGCCUCUCCUCAAAGCCUG… 7759 nt 0.4293
NM_001220490.2 NCBI
AUUUGGGAAGUUGGCUGGCUGGCGAGGCAGAGCCUCUCCUCAAAGCCUG… 7667 nt 0.4261
NM_001220491.2 NCBI
AUUUGGGAAGUUGGCUGGCUGGCGAGGCAGAGCCUCUCCUCAAAGCCUG… 832 nt 0.4567
NM_001220492.2 NCBI
AUUUGGGAAGUUGGCUGGCUGGCGAGGCAGAGCCUCUCCUCAAAGCCUG… 811 nt 0.4686
NM_001257.5 NCBI
AUUUGGGAAGUUGGCUGGCUGGCGAGGCAGAGCCUCUCCUCAAAGCCUG… 7876 nt 0.4289
Summary

This gene encodes a member of the cadherin superfamily. The encoded protein is localized to the surface of the cell membrane and is anchored by a GPI moiety, rather than by a transmembrane domain. The protein lacks the cytoplasmic domain characteristic of other cadherins, and so is not thought to be a cell-cell adhesion glycoprotein. This protein acts as a negative regulator of axon growth during neural differentiation. It also protects vascular endothelial cells from apoptosis due to oxidative stress, and is associated with resistance to atherosclerosis. The gene is hypermethylated in many types of cancer. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, May 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selection for ethanol preference significantly altered the expression and network connectivity of numerous genes, including cell adhesion molecules like cadherins and protocadherins, in the nucleus accumbens shell [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367]. In a separate investigation, chronic cocaine exposure and withdrawal in mice induced sustained transcriptional changes in the nucleus accumbens, with cadherin-13 (Cdh13) showing a transient decrease in expression specifically during cocaine treatment [Eipper-Mains et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2012.00873.X].