Basic Information

Symbol
CDH18
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 18 CDH14 EY-CADHERIN Cadherin 18, Type 2 Cadherin-18 Cadherin-14 Cadherin-Like 24 CDH14L CDH24
Location (GRCh38)
5:19471296-20575873
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004934.5
Sequence length
4793.0 nt
GC content
0.4027

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1304.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1399.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1070.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_004934.5 NCBI
GAGUCUGGGCUUUCCGAGGACGGCGAGCAGCUGUGCCCAGAGCUCUGGG… 4793 nt 0.4027
Showing 11 to 11 of 11 entries
Summary

This gene encodes a type II classical cadherin from the cadherin superfamily of integral membrane proteins that mediate calcium-dependent cell-cell adhesion. Mature cadherin proteins are composed of a large N-terminal extracellular domain, a single membrane-spanning domain, and a small, highly conserved C-terminal cytoplasmic domain. Type II (atypical) cadherins are defined based on their lack of a HAV cell adhesion recognition sequence specific to type I cadherins. This particular cadherin is expressed specifically in the central nervous system and is putatively involved in synaptic adhesion, axon outgrowth and guidance. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2014]

Forensic Context

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