Basic Information

Symbol
CDH19
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 19 CDH7 Cadherin 19, Type 2 Cadherin-19 CDH7L2
Location (GRCh38)
18:66501083-66604438
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021153.4
Sequence length
6297.0 nt
GC content
0.3427

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1442.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1575.26 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1510.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001271028.2 NCBI
GCAAUGGGGCACAUCGAGAGUUUGCUGAGAAGACUGUGAAGCAAAAAGA… 5927 nt 0.3398
NM_021153.4 NCBI
GCAAUGGGGCACAUCGAGAGUUUGCUGAGAAGACUGUGAAGCAAAAAGA… 6297 nt 0.3427
Summary

This gene is one of three related type II cadherin genes situated in a cluster on chromosome 18. The encoded protein is a calcium dependent cell-cell adhesion glycoprotein containing five extracellular cadherin repeats. Loss of cadherins may be associated with cancer formation. Alternative splicing results in multiple transcript variants for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that selection for ethanol preference significantly altered gene expression networks in the nucleus accumbens shell, with marked effects on cell adhesion molecules including cadherins and protocadherins [Colville et al. DOI:10.1111/Gbb.12367].