Basic Information

Symbol
CDH4
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 4 R-CAD R-Cadherin Cadherin 4, Type 1, R-Cadherin (Retinal) Retinal Cadherin Cadherin-4 Cadherin 4, Type 1, Preproprotein CAD4 RCAD
Location (GRCh38)
20:61252261-61940617
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001794.5
Sequence length
6678.0 nt
GC content
0.5969

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2724.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2840.24 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1598.38
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001252338.2 NCBI
AGAACAAGGAUUCGAUGAACGGCAGCUGUGACUUCAUUCUCAGCGCCUC… 6345 nt 0.5849
NM_001252339.3 NCBI
GCACUGGCGCUCUGGCUUUCUUCUUUCUCCCUCUGCCUUAAUGAUGCUG… 6485 nt 0.5867
NM_001794.5 NCBI
AGAGGCGCGGGCGGCUGCGAGGCCGGCGGACGCACCGGCCCGAGGGAAC… 6678 nt 0.5969
Summary

This gene is a classical cadherin from the cadherin superfamily. The encoded protein is a calcium-dependent cell-cell adhesion glycoprotein comprised of five extracellular cadherin repeats, a transmembrane region and a highly conserved cytoplasmic tail. Based on studies in chicken and mouse, this cadherin is thought to play an important role during brain segmentation and neuronal outgrowth. In addition, a role in kidney and muscle development is indicated. Of particular interest are studies showing stable cis-heterodimers of cadherins 2 and 4 in cotransfected cell lines. Previously thought to interact in an exclusively homophilic manner, this is the first evidence of cadherin heterodimerization. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic cocaine exposure and withdrawal induced sustained increases in the expression of the CDH4 in the nucleus accumbens, as part of a broader transcriptional reprogramming affecting cadherin and Wnt signaling pathways [Eipper-Mains et al. DOI:10.1111/J.1601-183X.2012.00873.X].