Basic Information

Symbol
CDK20
RNA class
mRNA
Alias
Cyclin Dependent Kinase 20 PNQALRE CCRK P42 Cyclin-Kinase-Activating Kinase P42 Cyclin-Dependent Protein Kinase H Cell Division Protein Kinase 20 Cyclin-Dependent Kinase 20 CDK-Activating Kinase P42 Cell Cycle-Related Kinase CAK-Kinase P42 EC 2.7.11.22 CDCH Cell Cycle Related Kinase EC 2.7.11
Location (GRCh38)
9:87964906-87974764
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001039803.3
Sequence length
2149.0 nt
GC content
0.5463

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-811.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -852.20 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 587.11
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001039803.3 NCBI
GUGCGAGCUCAGAUCAGCGUGGGGUGGAGGAGAAGUGGAGUUUGGAAGU… 2149 nt 0.5463
NM_001170639.2 NCBI
GUGCGAGCUCAGAUCAGCGUGGGGUGGAGGAGAAGUGGAGUUUGGAAGU… 2058 nt 0.5437
NM_001170640.2 NCBI
GUGCGAGCUCAGAUCAGCGUGGGGUGGAGGAGAAGUGGAGUUUGGAAGU… 1962 nt 0.5418
NM_012119.5 NCBI
GUGCGAGCUCAGAUCAGCGUGGGGUGGAGGAGAAGUGGAGUUUGGAAGU… 2086 nt 0.5431
NM_178432.4 NCBI
GUGCGAGCUCAGAUCAGCGUGGGGUGGAGGAGAAGUGGAGUUUGGAAGU… 2125 nt 0.5449
Summary

The protein encoded by this gene contains a kinase domain most closely related to the cyclin-dependent protein kinases. The encoded kinase may activate cyclin-dependent kinase 2 and is involved in cell growth. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been reported. [provided by RefSeq, Dec 2009]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the CDK20 mRNA was hypermethylated in the nucleus accumbens of subjects with alcohol use disorder compared to controls, with a mean methylation level of 0.168 in cases versus 0.078 in controls [Liu et al. DOI:10.3390/genes13060958]. This finding was part of a broader epitranscriptomic profile revealing 26 hypermethylated and 3 hypomethylated mRNAs in the disorder, with most associated with immune-related pathways.