Basic Information

Symbol
CDK9
RNA class
mRNA
Alias
Cyclin Dependent Kinase 9 TAK PITALRE CDC2L4 C-2k Tat-Associated Kinase Complex Catalytic Subunit Cell Division Cycle 2-Like Protein Kinase 4 Cell Division Protein Kinase 9 Cyclin-Dependent Kinase 9 Cyclin-Dependent Kinase 9 (CDC2-Related Kinase) Serine/Threonine Protein Kinase PITALRE Serine/Threonine-Protein Kinase PITALRE CDC2-Related Kinase EC 2.7.11.22 EC 2.7.11.23 EC 2.7.11 CTK1 C-2K
Location (GRCh38)
9:127785679-127790792
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Sudden cardiac death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001261.4
Sequence length
2483.0 nt
GC content
0.5509

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-948.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -990.54 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 587.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001261.4 NCBI
GUGGAGGCGGAAGUGGCGCGGCCGCGGAGGGGCCUGGAGUGCGGCGGCG… 2483 nt 0.5509
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the cyclin-dependent protein kinase (CDK) family. CDK family members are highly similar to the gene products of S. cerevisiae cdc28, and S. pombe cdc2, and known as important cell cycle regulators. This kinase was found to be a component of the multiprotein complex TAK/P-TEFb, which is an elongation factor for RNA polymerase II-directed transcription and functions by phosphorylating the C-terminal domain of the largest subunit of RNA polymerase II. This protein forms a complex with and is regulated by its regulatory subunit cyclin T or cyclin K. HIV-1 Tat protein was found to interact with this protein and cyclin T, which suggested a possible involvement of this protein in AIDS. [provided by RefSeq, Jul 2008] CIViC Summary for CDK9 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that cyclin-dependent kinase 9 (Cdk9) expression is increased in the infarct region of cardiac tissue following acute myocardial infarction, and its knockdown in cardiomyocytes promotes cell survival, ATP production, and mitochondrial membrane potential stability under hypoxic conditions [Xue et al. DOI:10.1161/JAHA.122.026160]. The CDK9 was identified as a direct target of the cardioprotective microRNA miR-483-3p, with its downregulation being a key mechanism through which therapeutic hypothermia exerts its beneficial effects.