Basic Information

Symbol
CDON
RNA class
mRNA
Alias
Cell Adhesion Associated, Oncogene Regulated CDO Cell Adhesion Molecule-Related/Down-Regulated By Oncogenes ORCAM CDON1 Ihog Surface Glycoprotein, Ig Superfamily Member Cdon Homolog (Mouse) Cdon Homolog HPE11
Location (GRCh38)
11:125955796-126063335
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001378964.1
Sequence length
8265.0 nt
GC content
0.4680

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2629.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2782.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2279.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((((((((((.((((((((.((((((.((((...)))).)).))))))).).)))).....((((((.(((((((((........(((..((......))...)))(((.(((((((((((((.(((((...(((..((((((((((.(((((((.(((((((....(((((((.(((.(((..((.((((.((....)))))).)).)))...))).))))))).))))))).)))(((...))).((((((((((.((.((((..(((.(((.....))).....(((((.(((((((......))))))))))))((((((....)))))).))))))).)).))))))))))...))))))))..))))))((((.(.....).))))...(((.((((......)))).)))(((((((((((.....(((((((((.(((((.((((.....)))).....))))).((((((((.(((((.((((((((((....((((((......(((.....(((((((((..............(((((((.((((((.......((((....(((((....)))))....))))........(.((((.((((.((((((((.((.(((((((((..(((((.(((....))).)))))((((.(((((((.((((...)))).)))).....))).))))(((.....)))...(((.........(((((...........))))).........)))))))))))).))..)))))))).))))..)))).)..........)))))).........((((....))))..(((.....))).....)))))))..((((((....))))))..(((.((((((........))))))))).....))))))))).))).....))))))..((((((...)))))).(((.((((((((..(((...(((((((((((........))))))..)))))...(((((((((((((...(((((.....((((..........))))))))).....))).))).).))))))(((((........))))))))...)))))))))))..)))))))))).)))....(((((((....(((((.......)))))(((........))).(((((((((.......(((((((.....(((((((...))))))).....)))))))((((((..........))))))))))))))).........)))))))........)).)))))))).))))).)))).....)))))))).))).(((((..((((.(((....((.(....(((((.((((.(((...((((((((((..(((((........(((((.......((((((((..((((((..(((..(((((...)))))...))).)))))).)))))))))))))((((.((.....)).)))).((((((.((((((.((((((.((((((.....(((.((((....((((((((........))).))))))))).)))..))))))))))))...(((((((((((((.........)))))).)))))))(((.(((((.((((((((...((((.((..((((......))))..)).))))....)))).(((.((.((.((((((((.(((......)))...((((((((..........(((((((((.(((...(((.((.(.((........)).))).)))))).)))))))))..........)))))))))))))).)).)).)))))....(((.((((....)))).))).....)))))).))).))).(((.((((((((...(((....((((((.........))))))....))).((((((.(((.(((......)))))))).))))........)))))))).))).((((.((((((....))))))))))......)))))))))))))))))))))))))))...)))........((((((((((((.........))))))((((((((.((..(((.........(((.((((((((...........))))))))..)))..)))..))))))))))...(((((((..((((((((....))))).....)))....)))))))))))))....))))..)))))....).))....))).)))))))))...(((((((...(((..((..(((((.((((((.((.(((....))).)).))))))......(((((..((((((........))))))..)))))..........)))))..))..)))..))).)))).........(((((((.((((((((..((..(((.(((..((((((((((((((((((((...))).)))))))......))...))))))))..))).)).)..))..((((((((......((((.(......))))).....)))))))).......(((((......)))))..(((((.((((((......))))))...)))))...(((((((((..(((...........(((((((((((.((..(((.(((((((((.(((......((((.((((((.........))))))...((((((..((((...))))))).)))......)))))))))))))))).)))...)).))..........(((........))))))))))))(((((((((((...)))))))))))........(((((.....))))).............(((..((((((((((.(((..(((.((..((((((((((((.......)))))...............((((((((.(((.(((.(((............((....(.((((.((.......)).)))))....))((((((((((.((((((...((((((((.((....)))))).)))).....).))))).))))))))))...))).))).))).))))..))))...........))))))))).)))..)))(((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((....((..(((...)))..)).....((((((..((((...)))).))))))....(((((((.((....)))))))))))))))).........((((((((((((.((((..((((.(((((.((((((((....((((((.((((((((((.(((...)))..)))))).....)))).))))))))))..........)))).).)))).)))).....)))).))))))))))))..(((.((.(((((.....)))))))))))))))))).....((((.....((((((......((((((.((........)).)))))).(((((((........(((((......))))).......(((((((((((((((.((.(((((((.....((((((((((.......((((((((.((.((.....(((((...(((.(((((..(((......)))..))))))))...(((((((((.......((((..((((.(((...(((((...((((.(.(((..((((.((((.(((.((((((........)))))).............))).)))).)))).))))))))....).)))).))).))))(((((((..(((.(((..(((((.......)))))))).))....)..)))))))..........((((.((((((((...))))))))..)))))))).(((.(.(((((((((..((((((((.((.((((.....((((......))))...)))).........((((..(((((((.(((.((....)).))).)))))))....((.(((((..((((((((....(((((..((((.(((((.......)))))....))))..))))).(((((((..((...((((((.(((.(..(((((((.(.((((((.((((.((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((.((((((((.........).))))))).........((.(....).))......)))))))))).))....))).)))))))))))...........((((((((........((((....(((..((((((((((((((..............)))))).......))))))))..)))...))))))))))))......((((.((........)).))))((((....))))((((((((((((((((.....(((((((......)))))))(((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((...(((((((......((((((((((...))))))))))((((((((.....(.((((((((..(((((((.((((....)))).)))....)))))))))))).)))))))))(((((........)))))))))))).)).))))))))))))))))..(((((((((.((..(.(((.(((...(((((.(((((.(((((.(((...(((((...((.........))...)))))...((((((.((((((...((((((((.((((((((((((......((((((..((....))..))))))((((...((((.(((.....(((..((....))))).....))).))))..))))..(((((((..((((...((((((((......))))))))..(((......)))...)))).....))))))).......(((..(((((((.......)))))))..))).((((((.(((((((.((((....((((((.((((....))))..(((((....................)))))))))))..)))).)))).))).))))))(((((....)))))...)))))))))))))).))..(((((((..........(((...)))...........)))))))...............))))...))))))))))))..((((((...)))))).......(((((((((....((((.((...(((((((......))))))).)).))))......)))))))))((((((............))))))..........))))))))..))))).))))).)))..))).)..)).)))))))))(((((.(((((((((......((((..(((((((((((..........)))))................((((....))))((((((((((((((((((((((((..((....((((((((....))))))))....))..)))))))..................((((((((.......))))))))...))))))).............)))))))))).....))))))..)))).....(((((((........)))))))(((((((...(((.(....).).))...)))))))....(((((.((.(((.((((...............))))))).)).)))))..((((((.((........(((((.......))))).(((((...)))))(((....)))..(((((.((((.....)))).)))))...)).)))))).((((((((.((..((..(((((....))))).))....))))..))))))...........))))))))))))))....((((((...((((..(((......)))..)))).)))))).......))))..))))))..))))))))).........))))))).)))))))))(((((((...((.((.....)).))...)))))))....))))).....((((((((((((((.......))))))....((.(((((.(..(((.(((..((((.(((((..(........)..))))).))))..))).)))..).))))).)))))))))).....((((((((.((...((((...))))..))((((((..((((....))))..))))))..........))))))))....))))))...)))))))).)))).....)))))).))))))))).)))))))))...........))..)))))))......(((((.(....).)))))............((((.((((((.(..(((((((.(((((..((((.((((.......)))).))))..))))))))))))..).))..)))).))))(((..(..(((((((((......)))))))))..)..))).(((((((........)))))))..((((((((....))))))))(((((((((((((............................)))))))))))))........((((........))))))))).))))))))))((((((((((.((((((((((.(((((((((((...((((((((.....(((((..((((........))))..)))))((((((..((((....((((((......)))))).....))))..))))))))).)))))....)))))))))....(((((.....))))).((((...(((((......(.((((...........)))).)......)))))...))))..........((((...))))....((((((........))))))..........(((((.((((((...)))))).)))))..........(((((((.(((((..((...))...)))).).)))))))..(((.((((.....)))).)))............((((((((......))))))))....))))))))))))..))))))).))))))).......)))))))))).....))))))))).)))).)))))))))....)))))......))...)).))))))))..((((((......))))))))))).))))).....))))))).)).)))))))).)))))))....(((.....))).......)))))))..))))))...)))).......))))))).)))).))))))))))))))))))).)))......(((.(((((((((((......))))....(((..........)))(((((((((((...(((((((((((..((((((..........(((((((....)))))))..))))))((((..(((.......)))..)))).((((..(((((((((..((((((((..((((((((((....))))))))))....(((((..((.((((((...(((((((((((..(((((((((.((......)).))))))))).........)))))))))))......(((((((......))))))))))))).)).)))))))))))))...))))..)))))..))))..........)))))).)))))(((((((....((...))...)))))))((((....)))).......((((.((((....))))))))(((.((((((((.(...((..(((...((...))...))))).))))))))).))).(((((((((((.......(((......((((((.......)))))).((((((.((((......)))).)))))))))...))))))))))).))))))))))).....))))))).)))))).)))))))))((((((((((((((((.(((.....))).))))).......))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))))))...)))))).)))..(((.(((((((......(((.(((((.((((......((((.(((......))).)))).......))))....))))).)))............))))))).)))......(((((.(((....)))))))).(((((....)))))..)))))))))..............................((((.....)))).............)))))).))))..))))))..)).)).........(((.(((.(((...))).))).)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((((((((((,{{{{.,.,||{{{,||||||,.||||},||.((({(((,,.({(({{...,(((...(((((((((,,,{,...(({..({{{....}},..)))(((.(((((((((((((((((((..,(({,,{,{(({{{{{{{((({((.(((((((....(((((((.(((.,{(..((.(({((((,...}))))).)),,}}...))).))))))).))))))).)))|((.,,))}}((((((((((.((.{{(({{(,,..(((((,{((((....(((((.(((((((......))))))))))))|.))))))))))...)}))),,}}.)).)))))))))},,.}}}}}|||||||,|||{|||,|,....,.,,||,.((((.((((......)))).)))).|||{{{{{{.....{{{(((((({(((((,(((({,,{{||},.....}}))),((((((({.{((((.((((((((((..,,((((((.....,{{......(((((((((..............(((((({.{{{(({...,,,.,{({.,..{{{{|....}))))..,.}}}|{,,,,...{.((((.((((.((((((((.((.(((((((((..,((((,({(,.{{,(({{{|,..|}}}|}|{(((.((((...)))).))))....,{{{{{,...,,.}}}.))}...,{{.|{|.....{{{{{...........))))),,...}}}},,,))))))))).))..)))))))).))))..)))).).{{{{{....||,,,,....}}}}}((((....)))).}}}}},........}}}})))))).,{{,{{{,,,.}}}|||(.(((.((((((........))))))))).)}},))))))))).,}......)))))}..((((({...}))))).,{,.((((((((..(({...(((((((((((........))}))).,)))))...,((((((((((((...(((((.....((((.........,))))))))).....))).))).).)))))},((((|....}}})),),))}...)))))))))))..)))))))))).))),...(((((((..,,(((((.......))))){{{,,.,....)}}.(((((((((..|{|..(((((((.....(((((((...))))))).....))))))),|||,,...{{{{,..,})))))))))))))........,}))))))........,},)))))))),||||,.||||{,{{{||||||}}.,}}.|{|{,{{((,({((,,,,,,{.{{{{(((((({{,,,((((,..{(({{{{{{,..{|{{((,{(({,.((((({.,,,,.,(((((((..((((((..{{(..(((((...)))))...})}.)))))).))))))))||}}}.,|,||{,||}.}|}.....|||||}}||,,,,.((((((.((((((....,{{(.{((({...,(((((((........))).)))))}}}}.)))}.))))))))))))...(((((((((((((.........))))))},)))))}{{|,|||||}||,,||||}}.||,{.||}},|||,.,,{{||||{{||.,|||...,.|||.{({.{(.((.((((((((.(((......)))...((((((({..........(((((((((.(((...(((.((.(.((........)),})).)))))).)))))))))..........))))))))))))))},).}).)}))}....{{{.((({....}))).}))....||}},}}.}}}.))).{{,.{|||||||,}}}||}||.((((((.........))))))}}}})}}|{,,,,|,|,.}})|,.|||.|||,,,.,.})))}}.,,},,)))))}))|)))}|||,{({(({{,..{{|||||{|||,{{{{..|||||||},},.,,..}}||,|||,,}}}|,|||,.....((({{{|{{{||,,,,...,,)))})){{{{{|||,||,,{{{.,||.....((,.((((((((...........))))))))..)))},))}.,)))))))))),,,(((((((..(((({(({,...}}}},.,,.,)))....))))))))))))}.,,||||{{{((((.....)))))...,))}))),},}}}.,,|||||||}..,,|,}||.,|{{{{.((((((.((.(({....})).)).)))))).,.,,{{((((..((((((........))))))..))))}..}}}.,...)))))..}}.......})),},,,.........(((((((.((((((((.,({..(((.(((..((((((((((((((((((((...))).)))))))......}).,.))))))))..))).))},..))..((((((((......((((.{......})))).....))))))))...,,.,((({{..,,,,}))}}..{((((.((((((......))))))...))))}...(((((((((..(((,.........,((((((((((({(...,,|}||||{{{{(.(((......((((.((((((.,{,.....}))))),,.((({{{..((((...))))})}.)))......}}}}}}}}})))}}}}.||}...))})||{|,,,....|||,,,},,.,)))))))))))}(((((((((((...))))))))))).....,..(((((.....)))))....,.,,{,...(((..((((((((((.(((..(((.((..(((((({(((((.......))))).............,.(((((,{{,{,{{({,...,||||..............},||((,{{..,....)).}))},....,,((((((((((.((((((...((((((((.((....))))))},))).....),))))).))))))))))....,}.,}},}}}.,,))},))))},}....,...)))))))}}.))),,))){((((((((((((.(((((((......((((.{((((({..{{..(((...)))..)).....((((((..(((,...)))}.))))))....(((((({,((....))))))))).,{{.((((((....{((((((((((((.((((..((((.(((({.((((((((....((((((.((((((((((.(({...}))..)))))).....)))).))))))))))..........)))).}.)))).)))}.....)))).)))))))))))),}(((.(({(((((.....))))).)))))).{((((..,.,{{.....,{({{{{(,{{{{.((((((.((........)).)))))).,{,||||.,,,,.},{((({......}))))....,,.(((((((((((((((.((.(((((((.....((((((((((,..,...((((((((.,,.,,,,...(((((...(((.(((((..(((......)))..))))))))...(((((((({.....,,,(((,,((((,(((...(({{,.,.((((.(,(({..((((.((((.(({.((((({.{....|,}))))),,,..........}}}.}))).)))).|))|}}})|||,|.||}}.}}|.|}}}{{{{{{{.,|{{||||,.(((((.,...,.)))))||},||,...|||}||||||{{{{{,,,..((((.{{{{||{{,,,|}|||||}.,||||||||{,{{.(.(((((({{{{,(((((((,.,,.{{{(,,...(((({....,))))...)))),}}}}...}|}}|||{,{((((.|((.{{.{,,|,,|}|{|||||||{.((,,.({{(.,,.|{({{{{{{{.{{({.{{{({{.{{{{{,{{{.(((((((((((((.....(((((..,(((((,,,,.(((((((.((((({{,.(...((((...})))..||,.}}|..}}}))}}))))})))}.,|||{|||||,,,||,,,))....}}}}))}}..))))}.....))}...)))))))))))}}{|}||}}}}})|.}}},|}}||(((((((((({{{.(((.(((((((({,...,,......{{{{{,,.((((({{,{{,.....|,}},|}}}}}},{,{,||,,{,,.........}}|,||{{{{{...,,,|||{{{{{{..,||}||||||||.......,,.,.((,.,,....)).))))}|||....}}|,..)))}}},..,(((....)))))))))),}})))))))))))))}}......(((((...((((((((((((.((((,{...(((((((......((((((((((...))))))))))((((((((.....{.((((((((..(((((((.((({....}))).)))....)))))))))))).}))))))))(((((........)))))))))))).}}.))))))))))))))))...)))))(((((((.(((({{,.....))).)).))))..)))))}}))))))),....,,.....{{{{{{(((((....))))),{||{||||.,,,}|||},,,,||{{{{{{||||}}},.,((((((..((....))..))))))|(({.,{(((,.(((,...,|||}}|}},,,,,||{{.{{,},,.||||.,|||,.....,)}),)}))},,.((((((((......)))))))),,|||,....{|||...,,})}}||.||||||||...,..{{{,,(((({{{....,|{|,}}}}},,))).{{||||,|{{{{{{.{{{{..,,|||{{{,{{{(.,,,)))},.,,|,,,,.}}}}}}}}}}}}.))}),,.))))))))..)))|,||||,}},,||||||({{{,,,,.)))))...)))))))}||||{((,,,.(((((((,.({{{{{{{((({..,((((....(({....{(((,..,............))))...,))),.)))){{{,{(((({...}))))}.,,,,..(((((((((..,.((((.{{...(((((((......))))))).}}.))))......))))))))),{(((({...,,..,,{.}||||,...,,,,|,,,|||||{(((({,{(((.,(((((...,))})}.,)))),}}}}}|(((((.{{{(({{{(((,,,{{{{{{((({(..,{{{|}},.....,{||,||{{{||...{{{{{...{(((..,,)}}|((((((((((((((((((((((((..((....((((((({....))))))))....))..)))))))..................((((((((.......))))))))...}}}}}}}.....,,,,....)))))))))),.,{|||||,....{{{{..{.{((((((........)))))))}))}}||,|,|||.,{{{{{{|{{{{{{{{{{{{(((({{{{{||||,{{,.{{{,..............,|||||||||||}}|}..,((((((.{(,,,,....{((((.,...,.}})}}.{{(({..,})))|(((....)))}.(((((.((((.....)))).)))))...)).)))))).{{{{{{{{,{{.,{{..(((((....))))).||....,}}},,}))}}}..|||||{.,|||||||}.....||.,,,})},,,..,}}},}}}}}}}..}})))}},.,((((({{{...}}},}))))..|||{||||{,.,,,,{|||,,,.}})).},,}}}}}|,|,||{{{|..,,{{(({((...{|||{,|,,,,,.,,}}.,,.||{(((((((.{(((...((((((,....}.))))))}))).)))))))),})))))|,,.}||||}|,,{|}}|}}}}},,.)},}},||{||||{,,||||}}}}))))}),))))},}{,,,,..,{{((((,(.,((,..((((...))))..||||||||,,((((....)))),,))))))}}))},,....{{.{{{{{..,))))),))}}}|||{{,,,.,,,||||||||||||||||{||,,..)})))},,,|,}|||||,|||..{||{|||....,({{{{,{{,,,}|)))}|,,,|,|...,,,{{{,.{((({{....(((((((.(((((..((((.((((.......)))).))))..)))))))))))),,||||||,||,.,,,,,,,.....(((((((((......)))))))))..,..||,.(((((((....,,|,))}}}||.,{{((((({....)))))))}(((((((((((((............................}})))))))))))}}},.{((((((........))))))),,||||,,..,},|||{{(((((,(((|||{||,.|,(((((((((...((((((((.....(((((.{((((........)))),,)))))((((((..((((....((((((......))))))..,..))))..))))))))).)))))....)))))))))....|||||},,,,,},,,..,,,.,,||||,......|}||||,,........,|||.,{{{{...))))|...})))|}}}}..}}},,.},,})}}}.,},((((((........))))))}}}}......{((({.((((({...}))))).))))).}}.}}}}}}(((((((.(((({..{|,..}}...)))).).))))))),,|||}||{{,,,,.)}))}))),...}}}}}}}.((((((((......))))))))}}}},)}})),))))))}))),,,)})))},}|....})}))))))))},.....}}}))))))}}))),)))))))))....)))))......))...},.)))))))).,|(((((......))))))))))).))))).....))))))).)).)))))))).))))))).,,.{{,....}))},..)}}}))))))).})..)))).)).)))).....))))))).)))).))))))))))))))))))).))).,,,}}(((.(((((((((((......))))....{{{..........}},(((((((((((...(((((((((((.{((((((..........(((((((....)))))))..))))))|(((,{(((.......))).}))),.((((..((((((,((..((((((({..((((((((((....))))))))))....(((((..((.((((((({,(((((((((((..(((((((((.,,......}}.))))))))).........)))))))))))......{((((({......))))))))))))).)).)))))})))))))...,))}.})))))..))))..........})))))))))))(((((((....((...))...)))))))((((....)))).,,....{|{{.((({....}))),})}(((.((((((((.(...(,.,(((...({...,}...))))}.})))))))).))).(((((((((((.....,.({{......((((((.......)))))).,(((((.((((......)))).)))))}))).}.))))))))))).))))))))))).....))))))).)))))).)))))))))(((((((((((,,{,({(.,..})),}|{|||,,..)))},))))))))))).))))))))))))))),))..)))))))))))),..}))))).)))..,{{.{{{{{{{..,,..||,.(((,{.{{{{,|||,.{{{,.,{{,,,,,,}},.,,}},,,,,..,|||,,,,|},,,,)))||.|,......})))}))).))}......(((((.(((....)))))))).(((((....)))))..)))))))))}}}........,{{({{,.........}))))}}..,}})))..,,}}}})))...}},,,}.))))}.})))))..)).)}.........,....,,.|||....,,.|||{,,...}}},

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001243597.2 NCBI
GUCUCUCCAAGGGAAUGAAAGGUGAGGGGAGCGUGAGUGCAGGCAUGAU… 8113 nt 0.4573
NM_001378964.1 NCBI
GACUCCGCCCCUCAGCUCCCCUCCCCUGAGCCCGGGAGCCCGGCUCGCG… 8265 nt 0.4680
NM_016952.5 NCBI
GUCUCUCCAAGGGAAUGAAAGGUGAGGGGAGCGUGAGUGCAGGCAUGAU… 8044 nt 0.4574
Summary

This gene encodes a cell surface receptor that is a member of the immunoglobulin superfamily. The encoded protein contains three fibronectin type III domains and five immunoglobulin-like C2-type domains. This protein is a member of a cell-surface receptor complex that mediates cell-cell interactions between muscle precursor cells and positively regulates myogenesis. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.