Basic Information

Symbol
CDR2L
RNA class
mRNA
Alias
Cerebellar Degeneration Related Protein 2 Like HUMPPA Cerebellar Degeneration-Related Protein 2-Like Paraneoplastic 62 KDa Antigen Paraneoplastic Antigen
Location (GRCh38)
17:74987583-75005800
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014603.3
Sequence length
3536.0 nt
GC content
0.6363

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1593.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1642.85 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 883.17
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.((((((((....))))))))((((((((((((((((.((((((....(.(((((((.(((....)))))).)))).))))))))))))).).))))(((((((((((((((((..(((...)))..))).....(((.(((((((((.(((((((..........)))((((((.(((((((((...(((((((.((.((...)).)).)))))))..((((((.....))))))...))).))))))..))))))))))..))))))).)))))))))).))))).))))..))))).......((((((((...((((((..((.((..((((((.((((((((.((.(((....(((.....((((((....))))))....)))))))).)).)))))).)))))).)))).))))))....((((((((((..(....)..))))))))))(((...))).(((((.((((...)))).))))).((..((((((((((((((((((((...(((((((........(((.((((..(((((((((((.(...(((..(((........))))))).)))))).))))................((((((((..(((((.............)))))..((.(((.(((.(((((((((((.(((.(((((((((...)))).))))((((.((...)).))))..(((((((((.(((.(((((............)))))....((((.(((((((((........))))).))))(((.(((((.(((((((.(((((.(((((.(((((..((((.(((.......(((((..(((.((.((((....(((.((.......)).)))))))))..)))..)))))..((((((.......)))))).....))))))))))).).))))).))))....).))))))).))))).)))((((..((((...((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((....)).))))).)))))))..((((.(((((.((((((.((((((.((((.((.(((((..((((((.((((((....))))))...)))).))....))))).)))))))))))).((((.(((((((((((((((((......))))......(((((((...((((((.....)))))).((....))((((.(((..((((((.(((((.((((...((((((.(((((.(((((.............))))).))))).......((((((.......(((((((.(.(.(((((.(((.((((.((((((((((((.....((((.((((.....))))))))..))))).))))))).....(((.((..((((((((((.((((.((((..(((((((((.....))))))(((.(((((((.((((((.(((.....))))))))).))....)).)))..)))......)))..))))...))))..))..)))))))).))..)))...))))...)))..))))).).).)))))))))))))..(((((((((....)))).)))))..)))))).))))))))).))))))..))).)))).(((.((((.((((.((((((((((((((.(.(((..(((.((.((..(.((((((.......)))))))..)).)).)))..(((((...(.((((((....))))))).)))))))).))))).................((((....((......))...))))((((((((((((((.((....(((((.(((....))).)))))...))))))))((((((((((.((((((.((.((.(((.(((.....(((..(((......)))..)))))))))))..)).))))))...(((((.......)))))...((((((((..(....)..)))))))).(((.(((...)))..))).))))).)))))..(((((((.((((........(((((..((..........(((((((....((.(((((((((((....(((((((((.(.((((((((((((........)))))...)))....((((((((..(((...))).)))))))).....((((((((..(((.....)))..)))))))).((((...))))(((((((((.........(((....)))..........)))))))))...(((.((((((..((((((.......(((.((.....)).))).......))))))...(((((.......)))))..)))))).))).....((((((((((((...))))).))....)))))....)))).))))))))))...))))))...)))))((((((((.........).))))))).))....)))))))..))..)))))......)))).)))).))).......)))))))).((((..(((((((....))).)).))..)))))))))).)))).)))))))).)))..............))))))).((((((..........))))))(((((.(((((((.......))))....))).))).)).........))))))))))))).))))......)))))))))))........(((((......))))).....)))).....))))))..((((....)))).))))....))))))))))......(((((((((((((..((((((....))))))....))))))(((((....(((((......)))))..)))))..(((((((((.(((((......)))...)).))))))).))))))))))))).))))))))))))........))))))))))))((((((((....))))))))....).)))..)))))))).)))))).))).)).....(((........)))..))))))))......)..)))).)))((((...((((((((......))))))))..))))...(((((.((((((((((..(..((((.....((((((.((.((((((.....((((.(((((((((..(((((((((.(((..((..((((((((((((((((..(((((.(((.......))))))))..))))))))).(((((.((.((((((.((.((((((((((.....)).)))))))).)))).......)))))))))))(((((.((.....)).)).)))...)))))))..))..))).....)))))))))...))))))))).)))))))))).)).)..)))))....))))..)..))))))).))).)))))..)))))))..))))..))))))))))))))))))....)))))))).....((((((((..(((((.........)))))..))))))))..................(((((....)))))......)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((.((((((((...,|}}}}}))((((((((({((((((.((((((....{.(((((((.(((....)))))).)))).})))))))))))).).)))){((,{((({{{{{{(({,.((,...}}},,|||,..(((({.(((((((((.{,({{{{..........))){{{((({((,((((.,...||||{,|}||}||},.})})}.))),,)),,,{||||,,...)))})),|||||,}}}}}},,}))}|}||||{,||}||||.||||||}|||{|||||,|||,..}}}}),,..,,}|,|||||,..}|||{{|}}|}|||,,||||{{.{{{{{((({{(,(,{,..,|||,,.,.((((((....)))))).,,,))}})}})}}},)))))).,}||||{||||{}||},,..}},||,||||||}}|.,{{|{,||||||||||(((...,||,(((((.((((...)))).))))).{{..((((((((((((((((((((...(((((((.,,,,,..(((,((((.{(((((((((((.(...(((.,(((......,.))})))).)))))).)))).....,|,......{{((((((((,,({(((,{{.,,,,.....}}}}),.|{.,,{.{{{.{({((((((((,(,{..((((((((...)))).)))),{{{.((.,.}},}}}|{{(((,,(((..,||},,}}}}}|{{,.,{,...((((((.((((((((.{(((((........)))))}((((.(((((,,......,,.((((((..(((((((.({.(((..(((((((..((((((((((.(..(((((...,.(((((.,.(((((.{,,{,...{{(......})),|,||{(((((.,.....))))),.))))).....))))).}.(((((((.....))))))),.)))))..).))))))))}.....,}..)))))))....(((((((((((((((((((((((..((....)).)))))}}))))(((.(((((((((((((..(((((.....((((((.((.(((.{.((((((((((...(((((.((((((((((.,((,(((({({,({{(((((({{((((,(((((((({(,.{((.((({{{{{{||}|.|..|..{|{(({|..{,{{{,.{{.{||||||{((....}}((((.(((..((((((.(((((.((((...((((((,(((((.(((((.,........,..))))).))))).......((((((.......(((((((.(.(.(((((.(((.((((.((((((((((((.....((((.((((.....))))))))..))))).)))))))...,.(((.((..((((((((((.((((.((((..{{(((((((.....)))))){{,.(({{{((.(((((({(({...,,)}))))))).))....}}.)))||))},.....)))..))))...))))..))..)))))))).))..}))}..))))...)))..))))).).).))))))))))))),.{((((((((....)))).)))))}.)))))).))))))))).))))))..))).))))...((,(((({(({{({((,,..,(((,,..,|||,,(((.((.{(..(.((((((.......)))))))..)}.)}.)))}}||}}}.....,.|||}}}}}.))))))}).}).....((({{.,,,,...|||......((((....((......))...))))....,,{,((((((.((....(((((.(((....))).)))))...)))))))).))),)|))))))||},,}.,))).,)})))}}}},))}})))))}}}.,|,}}},|})}}}|||.,...,|,..}}.))|{||,.|,....))))).}}((((((((..{....}..))))))))||||,}.,,,,)))),,))))))}}))).....))))))))))))))).}...........((((((((.((((.(((....))).{((((((((((....(((((((((.(.((((((((((((........))))}..,)))....((((((((..(((...))).)))))))).....{(((((((..(((.....}))..)))))))).{(((...)))}(((({{{{{}},,..,,.{{{....})).......,,.,|||||||}...(((.((((((..((((((.......(((.{,.....,}.}}}.......)))))).|.(((((.......)))))..)))))).))).,,..,,||((((((((...))))).)).}}}))))}.,..)))).))))))))))...))))))...))))}((((((((.........),})))))).(({....(((((((..,,...((((((..(((,.((((..,,,,,,||||{({(((((,{{,,({({,,{{{,{{.|||{||..,..,,))))))...}))}.})))))),,))}},.....}}}}..})},,),))))))...))...)))))))))))))).)))))))).........))).))))))))..............))))),,)))))...)))).)))).)))..))))))),,.))))).))).).).)))))))..)))))))))))))))..((((....)))).,.))))...)))))))))),,,|,,}.}))|((((((,.((((((....))))))....))))))|,,,|.},.(((((......))))).,|||||....}}}}}||}|||||.,}}}|,||{,{((((.((((..((((,......,.)))).,)))))))))....,,)),}}}|||||{((((((((....))))))))....)})))}.)))))))).}}}})|,|}}.)),,,..{{(,.,.....}}}..}}}}})))....,,}..}})),)))||||,..((((((({......})))))))..))})}}}|((((.((((((((((..(..((((.....((((({.((.((((((.....((((.((((((((({,(((((((((.(((..((..((((((((((((((((..(((((.{{(.......))})))))..))))))))).((((,,((.((((((.((.((((((((((.....)).)))))))).)))).......)))))))))))(((((.(({....)).)).)))...)))))))..))..))).....)))))))))..,))))))))).)))))))))).)).),.)))))....))))..)..))))))),,)).))))}..)))))))..))))..))))))))))))))))))..,.))})}))).....((((((((..((((({......,.}))))..)))))))),})))))}}}}.......{((((....)))))......))}....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014603.3 NCBI
AAGAUGCAGCGGCGGCUCCGGUUGUCGCCGGGCGGGCCAGGAGCAGCGC… 3536 nt 0.6363
Summary

Enables identical protein binding activity. Predicted to be involved in Golgi to secretory granule transport and vesicle transport along microtubule. Predicted to be located in cytoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CDR2L was detectable in all investigated cerebral cortex lobes (frontal, temporal, parietal, occipital) but did not enable sub-differentiation of these forensically relevant brain regions, as differences in mRNA expression were too exiguous for forensic application [Euteneuer et al. DOI:10.1007/s12024-024-00787-7]. A review further notes that the CDR2L is a potential stable biomarker for traumatic brain injury diagnosis, being upregulated in the cerebellum of TBI victims [Lei et al. DOI:10.1093/gpbjnl/qzag007].