Basic Information

Symbol
CDX1
RNA class
mRNA
Alias
Caudal Type Homeobox 1 Caudal Type Homeo Box Transcription Factor 1 Caudal-Type Homeobox Protein 1 Homeobox Protein CDX-1 Caudal Type Homeobox Transcription Factor 1 Caudal-Type Homeobox Protein CDX1
Location (GRCh38)
5:150166778-150184558
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001804.3
Sequence length
1775.0 nt
GC content
0.6282

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-795.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -823.23 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 576.27
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001804.3 NCBI
GGCAGGACAGCCGAGUUCAGGUGAGCGGUUGCUCGUCGUCGGGGCGGCC… 1775 nt 0.6282
Summary

This gene is a member of the caudal-related homeobox transcription factor gene family. The encoded DNA-binding protein regulates intestine-specific gene expression and enterocyte differentiation. It has been shown to induce expression of the intestinal alkaline phosphatase gene, and inhibit beta-catenin/T-cell factor transcriptional activity. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans developed a multiplex RT-PCR assay for identifying rectal mucosa as evidence of anal penetration, evaluating six candidate mRNA markers including the CDX1 [Akutsu et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2022.102712].