Basic Information

Symbol
CDYL
RNA class
mRNA
Alias
Chromodomain Y Like CDYL1 Testis-Specific Chromodomain Y-Like Protein Chromodomain Protein, Y-Like Chromodomain Y-Like Protein Crotonyl-CoA Hydratase CDY-Like, Autosomal DKFZP586C1622 Chromodomain Protein, Y Chromosome-Like EC 2.3.1.48 EC 4.2.1.- CDY-Like
Location (GRCh38)
6:4706159-4955551
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004824.4
Sequence length
3503.0 nt
GC content
0.4810

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1128.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1192.98 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 893.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143970.2 NCBI
ACUGUCUGGCACUCCCUAGUGAGAUGAACCUGGUACCUCAGAUGGAAAU… 3310 nt 0.4441
NM_001143971.2 NCBI
GCCUCGGCUCUAAGGAAACAGAGGAAAGCAAACGGGAAUACUCUGGUUU… 3186 nt 0.4426
NM_001368125.1 NCBI
AGUGACCCCUUUGUUCCUUGAGGAGAGAGGACCUAUUUCUACCUAAGGA… 3437 nt 0.4486
NM_001368126.1 NCBI
GGUCGCAAGUAGGAAGCUUUCUGCACUACACCGGAGAGGGGAGCCGCGA… 3437 nt 0.4818
NM_001368127.1 NCBI
GGUCGCAAGUAGGAAGCUUUCUGCACUACACCGGAGAGGGGAGCCGCGA… 2836 nt 0.4669
NM_004824.4 NCBI
GGUCGCAAGUAGGAAGCUUUCUGCACUACACCGGAGAGGGGAGCCGCGA… 3503 nt 0.4810
Summary

Chromodomain Y is a primate-specific Y-chromosomal gene family expressed exclusively in the testis and implicated in infertility. Although the Y-linked genes are testis-specific, this autosomal gene is ubiquitously expressed. The Y-linked genes arose by retrotransposition of an mRNA from this gene, followed by amplification of the retroposed gene. Proteins encoded by this gene superfamily possess a chromodomain, a motif implicated in chromatin binding and gene suppression, and a catalytic domain believed to be involved in histone acetylation. Multiple proteins are encoded by transcript variants of this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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