Basic Information

Symbol
CEBPB
RNA class
mRNA
Alias
CCAAT Enhancer Binding Protein Beta C/EBP-Beta IL6DBP TCF5 LAP CCAAT/Enhancer Binding Protein (C/EBP), Beta Interleukin 6-Dependent DNA-Binding Protein CCAAT/Enhancer-Binding Protein Beta Nuclear Factor Of Interleukin 6 Transcription Factor 5 Nuclear Factor NF-IL6 NFIL6 CRP2 Liver-Enriched Transcriptional Activator Protein CCAAT/Enhancer Binding Protein Beta Liver-Enriched Inhibitory Protein Transcription Factor C/EBP Beta Liver Activator Protein C/EBP Beta NF-IL6 TCF-5 LIP
Location (GRCh38)
20:50190734-50192690
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Sudden cardiac death diagnosis Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005194.4
Sequence length
1839.0 nt
GC content
0.6623

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-813.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -845.34 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 483.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...(.((((.((..(((.((((.....((((((......)))))).....)))))))...........((((((..((((((.((((((((.((.((((((((.(.(((((((((.(.((...(.((((((.(((((.(((.......))))))))((((.((((........)))).))))(((((((((.(((((.....)))))..))).))))))(((.......)))...))))))))).).))))))(((((((........(((((((.....)))))))....)))))))..))).).))))))))))..((((((..(((((((((((.((((((((.(((((((.......))))))).......((((((..((.((((.((...((((.....((((.((((.((((.......((((..(((..(((((((((.((.......)))))))))...))..)))..))))......)))))))))))))))).))))))(((((((.(((((.......)))))........((..((......))..))..............))))))).......)).....)))))).......((((.....)))).)))))))))))))))))))..(((((((..(((.......)))..)))))))..((.......))....))))))))))))))(((((........))))).)))))).......((((((....(((.((((..((.((..(((..((((...(((((.(((...(((.((.(((((((((.........((((((..(((...((((((.(((....))))))))).))).))))))((((...))))(((.......)))..)))))).))).)).)))..))))))))..))))..)))..))))..)))).)))..)))))))))))))))))).).))))).(((((((((.((((((((((((.....(((((((.(((.((((.((((((((.((((..(.(((((((.((((.(((...((((((...(((.......))).....)))))).((((((((.((((....(((....(((((....(((((.....(((.(((.((((.....(((((.((((((((...(((((.((.(((...))).)).)))))....))))))))))..))).))))..)))..))))))))..((((.(((.((((((((((((((((((..((((((((((.((((.....((((((.(((...(((..........)))...))))))))))))).))))).......)))))..))))).....)).)))))))).)))))).))))......((..((((((.((((((((.((.....(((((.....(((..(((((.(((....)))((((....)))))))))))).....))))).....)).))))))))..))))))..)).........)))))..)))))))...)))))))).((((((......))))))..))).)))).)))....((((......((((((((((((((.((...((.......))..)).))))))).....))))))))))).(((((....))))).....)))))..)))))))).)))))))).)))))))))).......)))))))))))))))))).)))........(((((...((((..((((((((..................((((....)))).........(((((((....)))))))...))))))))..)))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((...{.((((.((..(((.((((.....((((((......)))))).....))))})),..........((((((.{(({(((.((((((((.{{.((((((((.(.(((((((((.,.((...(.((((((.(((((.(((......,))))))))((((.((((.,.,...,)))).))))(((((((((.(((((.....)))))..)))}})))))|{{.......)}),,.)))))))}}.),))))))(((((((........(((((((.....)))))))....)))))))..))).).)))))))),,..(((((,..(((((((((((.((((((((.(((((((.......))))))).....,.((((((..{(.((((.((...((((.....((((.((((.((((.....{.((((.,((({.({(((((((.((,,,....))))))))),..,)}}}))..)))).,....)))))))))))))))).))))))(((((((,(((((.......))))).},.....,.......,...|,..,,......},.},...})))))).......,,.....)))))).}.....((((.....)))).)))))))))))))))))))..(((((((..(((.....,.)))..)))))))..,......}}))}...)))))))),)))||(((((........))))).))||||{{...}}|||(((....{{{.((({.,({,((.{((({{(((({(,(((((,((({,.(((.((.(((((((((...,,..,,((((((.{(({...{(((((.(((....)))))))))})))})),)))((((...)))),{{.......))}..))))))))}).)).))),.)))))))),.))))..)))},)))),.))}),)}),.)))))))))))))))))).}.))))).{{{((((((.(((((((((((({{...((((((((((((((((((((....,..,,((((((.((((.......,,(((.(((((.......))).)}.)))...,.}|(((..(((((((.{{((((,...((,{,.(((((...,(((((.{...{,{||||}|{{{.....{{(((.((((((((.,.(((((.((.(({...})).)).))))).,..))))))))))|,||..}})))))}}}}})))))))..||||.||{((({{{||||||(({,.....||},|))|||})))).,.)))))))..)))}..)))).))))))..}{{{((((({{{{({({|{{{{||,......,}))),..(((({{...((|{||{|((((((|||||{|||,....,,,{,.,{{{{{,{{{((({{.,...,,,|{{{{.....,,,..{{{((.{{{....)))|{{|,,..}))))))})}}}.....,||}}|...,|,.}}})}}},.|}}}}|,,,,,....}}}}}))}})}.}},,))))}}.,,}}})})))))).))))))((((((({({....,}}.,.)))))))........(((((({(({(({.,({{{(({{..,..,,...,}),)))))}}},})))))))))),|(((({.,,,}}}},..},,,,..},.,)})))))))))))}...,)}}}))))).},,,.,)))))))))))))))))).}}}........{{({(,{,((((..(((((((((({.,{{{........,{((((....)))),....,,}.||{{|||.,.,))}},,,...))))))))..))))}))}),

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001285878.1 NCBI
UCCCAAUCCCGGGGCGGCCGGGCGGGGGUGGGCAGGGGGCGUGAGGCCG… 2113 nt 0.6720
NM_001285879.1 NCBI
UCCCAAUCCCGGGGCGGCCGGGCGGGGGUGGGCAGGGGGCGUGAGGCCG… 2113 nt 0.6720
NM_005194.4 NCBI
AGCGAGUCAGAGCCGCGCACGGGACUGGGAAGGGGACCCACCCGAGGGU… 1839 nt 0.6623
Summary

This intronless gene encodes a transcription factor that contains a basic leucine zipper (bZIP) domain. The encoded protein functions as a homodimer but can also form heterodimers with CCAAT/enhancer-binding proteins alpha, delta, and gamma. Activity of this protein is important in the regulation of genes involved in immune and inflammatory responses, among other processes. The use of alternative in-frame AUG start codons results in multiple protein isoforms, each with distinct biological functions. [provided by RefSeq, Oct 2013]

Forensic Context

A study in humans identified the CEBPB as a transcription factor highly expressed in almost all cells and significantly up-regulated in blood samples from sepsis patients, confirming its role as a sepsis biomarker [Zhao et al. DOI:10.1016/j.imbio.2023.152763]. Another human study in acute myocardial infarction patients found the CEBPB was significantly expressed in NK cells from patients without plaque rupture, where it was involved in negative regulation of the immune system [Jun Qian et al. DOI:10.3389/fimmu.2022.908815]. A study in mice demonstrated that the CEBPB gene was upregulated in common in spleen leukocytes across three models of systemic inflammation (trauma/hemorrhage, burn injury, and LPS infusion) at 2 hours post-injury [Brownstein et al. DOI:10.1152/physiolgenomics.00213.2005]. In a separate murine model, the CEBPB gene was upregulated in skeletal muscle following both local and distant burn injuries, with expression observed at 6 hours, 1 day, and 3 days post-local burn and at 6 hours, 12 hours, and 2 days post-distant burn [Padfield et al. DOI:10.01.ta.0000230567.56797.6c].