Basic Information

Symbol
CENPF
RNA class
mRNA
Alias
Centromere Protein F Mitosin Hcp-1 Centromere Protein F, 350/400kDa Kinetochore Protein CENPF AH Antigen Centromere Protein F, 350/400kDa (Mitosin) Cell-Cycle-Dependent 350K Nuclear Protein CENP-F Kinetochore Protein PRO1779 CILD31 STROMS CENP-F CENF
Location (GRCh38)
1:214603172-214664574
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016343.4
Sequence length
10290.0 nt
GC content
0.4084

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2682.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2883.84 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2413.60
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_016343.4 NCBI
AGAAGCGGGCGAAUUGGGCACCGGUGGCGGCUGCGGGCAGUUUGAAUUA… 10290 nt 0.4084
Summary

This gene encodes a protein that associates with the centromere-kinetochore complex. The protein is a component of the nuclear matrix during the G2 phase of interphase. In late G2 the protein associates with the kinetochore and maintains this association through early anaphase. It localizes to the spindle midzone and the intracellular bridge in late anaphase and telophase, respectively, and is thought to be subsequently degraded. The localization of this protein suggests that it may play a role in chromosome segregation during mitotis. It is thought to form either a homodimer or heterodimer. Autoantibodies against this protein have been found in patients with cancer or graft versus host disease. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that the CENPF gene, identified as a differentially expressed hub gene present in multiple index sets (A, B, and C), is involved in ventricular system development and regulation of muscle tissue development following skeletal muscle contusion [Ren et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2022.102722]. Separately, research in human keratinocytes showed that the CENPF was downregulated (0.25-fold) 3 hours after X-ray irradiation, identifying it as a radiation-responsive gene associated with skin injury [Koike et al. DOI:10.1269/jrr.46.173].