Basic Information

Symbol
CEP85L
RNA class
mRNA
Alias
Centrosomal Protein 85L Centrosomal Protein 85 Like BA57K17.2 NY-BR-15 C6orf204 Serologically Defined Breast Cancer Antigen NY-BR-15 Centrosomal Protein Of 85 KDa-Like Centrosomal Protein 85kDa-Like Chromosome 6 Open Reading Frame 204 LIS10
Location (GRCh38)
6:118460772-118710075
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001042475.3
Sequence length
7373.0 nt
GC content
0.3737

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1929.24 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2075.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1759.63
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042475.3 NCBI
AGAGAACCCGCAGCUGCAACUUCGCCUGGAGCCUUUGAGCCUGGGCUCA… 7373 nt 0.3737
NM_001178035.2 NCBI
CAUACCCAUUUCCUGCCUAUCAUUUGAAGACGUUCCUUGAGGAGGUUUG… 7141 nt 0.3543
NM_206921.3 NCBI
AGAGAACCCGCAGCUGCAACUUCGCCUGGAGCCUUUGAGCCUGGGCUCA… 2014 nt 0.4752
Summary

The protein encoded by this gene was identified as a breast cancer antigen. Nothing more is known of its function at this time. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

A single-nucleus transcriptomics study in human postmortem brain tissue identified the CEP85L as a protein-coding gene upregulated in microglia (MGL) cell types in individuals with alcohol use disorder (AUD) compared to controls [Van Den Oord et al. DOI:10.1111/Adb.13250].