Basic Information

Symbol
CFAP36
RNA class
mRNA
Alias
Cilia And Flagella Associated Protein 36 CCDC104 BARTL1 Cilia- And Flagella-Associated Protein 36 Coiled-Coil Domain-Containing Protein 104 Coiled-Coil Domain Containing 104 MGC15407
Location (GRCh38)
2:55519559-55545080
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_080667.7
Sequence length
1184.0 nt
GC content
0.4223

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-290.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -313.30 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 318.79
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((..((((((.((((...(((((...((((...)))).)))))))))))))))((((((((((((((((...)))))..)))))....))))))......))))).(((.((((((((((((.((((.(.((((((((.((((((((.(((.(((.......)))))).)).))))))))))).....(((..(((((((((((((................((((((..((((...((((.(((............)).).))))...))))....)))))).......((((((((..((....))..))))))))..((((......))))(((((((.(...........((.((((((...........)))))).))(((((.((((((......))))))...(((.(((((...........)))))...))).)))))..(((((.((.....(((......)))..((((...))))............)))))))(((..(.((((((....((((..............(((..(((....)))..)))..............))))....)))))).).))).....).))))))).......)))))))))))))...)))......))).).)))).)))).(((....(((((.((((....(((((....)))))......)))))))))....)))((((...(((...((((...((((((..((........)).((((((..........(((.....((((..(.((((((((((((......((.(((.(....((((..(((((.((((....((((((......)))).)).((((((((....(((.......)))..((((.((...((((......))))..)).))))...)))))))).)))).).))))..))))..).))).)).....................(((...((.....)).)))))))))..)))))).)..))))....)))..........))))))...)))))))))))))...))))..((((((((..((..(((((......).)))).))..))))))))..((((((.(((((((((.........))).))))))))))))......)))))))).))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{(((.((((((((.((((...(((((...((((...)))).)))))))))))))))((((((((((((((((...))))),.}))))....))))))......{{{(({((.(((({({{(({{(.((,({({(((,,,||}||||,|}{{{,|.||{.|||,,,)}}))}})|.||||||||.,{,....({{..{((((((((((({,.,|......{{,...((((((..((((...((((.(((............)).).))))...))))....))))))..,,...((((((((..({....,,..))))))))..,,,{..,,,.}}}}(((((((.(...........((.((((((.,.....,...)))))).))(((((.((((((......))))))...{{{.,{{{|,,.........|||||...|||.}||}}.,(((({{({......,,..,,,,|....((({...}})),..,}.}}}...}))))))|((..{.((((((....((((..............{{,..{((,,.,}}}..})),}............))))....)))))).}.}}......).}))))),.....,.}))))))))))))...}}}....}}))).)})))),})})},}}..}}|||{,.,,{{....,{((({|||||}}}|||,..}},}})}}}))))))))}}|...,{{......||.,||||||..,,..,,....,..{((((|,,........(((.....((((..,.((((((((((((......,{.(((.,....((((..((((,.(({{.,..((((((......)))).)).((((((((.{(.(((,.....,||,..||||.,...}|||.......||||........))}})))))))).}})|,|.})))..)))),.).))).}}...,,...........,,...(((...((.....)).)))))))))..)))))).,..))))....))).........,)))))),,|||||{.,.,,.|,...}))}.,.}))))}}).}}}},,{{{......},,|||.|,..|||||}||..(((((,,(((((((((.........))).)))))))))))).......}}}}}||,|.,.....}},.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001282761.2 NCBI
CUCUCGGCUCCUUGUGGCCCAAAGGCCUAACCGGGGUCCGGCGGUCUGG… 1259 nt 0.4289
NM_080667.7 NCBI
CUCUCGGCUCCUUGUGGCCCAAAGGCCUAACCGGGGUCCGGCGGUCUGG… 1184 nt 0.4223
Summary

Located in ciliary transition zone. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in C57BL/6J mice investigating gastrulation-stage alcohol exposure found that the CFAP36 was part of a downregulated ciliary transition zone pathway in female versus male E7 embryos, as identified through whole transcriptomic RNA-Seq analysis [Boschen et al. DOI:10.1002/Bdr2.2292].