Basic Information

Symbol
CFAP44
RNA class
mRNA
Alias
Cilia And Flagella Associated Protein 44 WDR52 Cilia- And Flagella-Associated Protein 44 WD Repeat-Containing Protein 52 WD Repeat Domain 52 FLJ11142 SPGF20
Location (GRCh38)
3:113286930-113441610
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001164496.2
Sequence length
10238.0 nt
GC content
0.4169

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2859.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3062.77 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2626.72
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001164496.2 NCBI
AGACGCUGUGAAGAGAGGAGCCGCGGCGGUCAGUACCUUCGAGGAAAUG… 10238 nt 0.4169
NM_018338.3 NCBI
GAGUAAACGGAGGCCUCCGGCAGACGCUGUGAAGAGAGGAGCCGCGGCG… 3281 nt 0.4014
Summary

Enables peptidase activity. Involved in sperm axoneme assembly. Acts upstream of or within microtubule cytoskeleton organization. Predicted to be located in cytoplasm; cytoskeleton; and motile cilium. Implicated in spermatogenic failure 20. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue demonstrated that the CFAP44 exhibited a complex expression pattern in the dorsolateral prefrontal cortex of individuals with major depressive disorder and suicide compared to non-psychiatric controls [Pantazatos et al. DOI:10.1038/mp.2016.130].