Basic Information

Symbol
CFD
RNA class
mRNA
Alias
Complement Factor D Properdin Factor D Adipsin ADN PFD DF D Component Of Complement (Adipsin) C3 Convertase Activator EC 3.4.21.46 Complement Factor D Preproprotein Complement Factor D (Adipsin) EC 3.4.21
Location (GRCh38)
19:859453-869490
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001928.4
Sequence length
1191.0 nt
GC content
0.6507

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-557.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -576.49 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 335.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((.....))))((((((((((...(((((((.(((.(......).))).)))))))...(((((.((((((.(((((((...((((((((....(((((((((((((((.(((..((.(((((((((.((.((.((..(((((.((((......((((((((..(((..((((((((((.(((((.(..(((.((.(((..(((((((.((.(((((.((((((.(.(((((((((((..(((((..((((....))))..))))).)))))))..))))..).)))))).)))...)).)).)))))))))).)).))))))))).)))).))).)))..)))...(((....))).((((.((.((....)).)).))))..((((......))))....))))))))..)))).)))))..)).)))).))))).))))))..)))...))))))))...((((((.(((((...........))).)).)))))))))))))......(.((((((..((....))..)))))).)..(((((..........))))).)).)))))).))))))).((.(((.((((.....)))).))).))......((((((((.(.(((..(((((((((((((..(((((......))))).(((.((((((((.........)))))))).)))...(((((((...)))))))...))))))........((((((((....))))))))((((.(((..(((.(((((((((....).)))))))))))..))))))))))))))..))).)...)))))).))..(.(((((((((.(((((((((.((((.((((((....))).))).)))).)))))).(((((((..((.(.((.(.((..(((..((((((........))))))...)))..)).).)).).)).)))).)))...................((((((((..((((.(((((((........)))))))))))))))))))(((((....)))))..))).))))))))).).)))))).))))).((.((((((.(....).))))))))..(((((........)))))..((((.((.((...)).)).)))).....................))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((.....)))}{(((((((({..,(((((((.(((.{{.....}.|}},|}}}}))..}{{((({({{,,|,|||(((({{{{{{(({,{...}|,|||||||(((((({({(,(({,((({((,{((((....(((((,(((({((((.....((((,(({|,.(((({(((((((((.(((((,((.(({,((,((({.(((((((.((.((,((,((((((.{.(((((((((((..(((((..((((....))))..))))).)))))))..))))..,.)))))).)})}..)).)).)))))))}))})},|||||||}|,|}||,||}.|}||||}}...(((....))).((((.((,({....)).)).))))..{||{.....,)))).})}}))||||}.,|,}}.|||)}.}|||||}|.,,||,{|||}||,.,|||..}})))))).}}||{|||}|{|||}}},,.,,,..)))})).}}))))))))}))}}.}}},,|{||||},||...,))}.)))))).)}}|||||.{{{{{....|||||.||.,,,,,).))))))).{{.(((.((((.....)))).))).}}......((((((((.(.(((..(((((((((({((,.(((((......))))).(((.((((((((.........)))))))).))).}.{((((((...))))))}...)))})),.......((((((((....))))))))(((,{(((..(((.(((((((({....}.)))))))))))..))))))))))))))..))).)...)))))).))..{.(((((((((.(({((((((.((((.((((((....))).))).)))).)))))).,|{({{{.,|(.(,((,(.((.{(({..((((((........))))))...))),.)).}.}}.).)).)))),}}}|,.................(((((((,..{({,{(((((((........))))))))}))))))))))(((((....))))),,))).))))))))).,.,))))){|||||{((.,((((({.{,,{{.,,.)))))}}}||||}..}}}}}))))...{{{|,|{..|,,,))}))})),,.....................)))))))))}....

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001317335.2 NCBI
AGUGUCUCAGCCACAGCGGCUUCACCAUGCACAGCUGGGAGCGCCUGGC… 1212 nt 0.6526
NM_001928.4 NCBI
AGUGUCUCAGCCACAGCGGCUUCACCAUGCACAGCUGGGAGCGCCUGGC… 1191 nt 0.6507
Summary

This gene encodes a member of the S1, or chymotrypsin, family of serine peptidases. This protease catalyzes the cleavage of factor B, the rate-limiting step of the alternative pathway of complement activation. This protein also functions as an adipokine, a cell signaling protein secreted by adipocytes, which regulates insulin secretion in mice. Mutations in this gene underlie complement factor D deficiency, which is associated with recurrent bacterial meningitis infections in human patients. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. At least one of these variants encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature protease. [provided by RefSeq, Nov 2015]

Forensic Context

A study in pigs demonstrated that the CFD gene was downregulated in subcutaneous fat tissue from the center of experimental bruises over time (2, 5, and 8 hours post-infliction) relative to uninjured control tissue [Barington et al. DOI:10.1016/J.Jflm.2018.06.005].