Basic Information

Symbol
CFHR2
RNA class
mRNA
Alias
Complement Factor H Related 2 FHR2 CFHL2 HFL3 Complement Factor H-Related Protein 2 H Factor (Complement)-Like 3 H Factor-Like Protein 2 H Factor-Like 3 DDESK59 FHR-2 Complement Factor H-Related 2 Factor H-Related Gene 2
Location (GRCh38)
1:196943731-196964115
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Tissue/body fluid identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_005666.4
Sequence length
1498.0 nt
GC content
0.3491

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-349.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -380.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 427.44
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001312672.1 NCBI
AGUUAGUACACUGAAAUUCAAAGUCAUGCUCAUAACUGUUAAUGAAAGC… 704 nt 0.3395
NM_001410924.1 NCBI
AUAACUGUUAAUGAAAGCAGAUUCAAAGCAACACCACCACCACUGAAGU… 840 nt 0.3571
NM_005666.4 NCBI
ACCACAAAGGACUUUACUAAACUAGCUUCCAGUUAGUACACUGAAAUUC… 1498 nt 0.3491
Summary

This gene belongs to a family of complement factor H-related genes (CFHR), which are clustered together with complement factor H gene on chromosome 1, and are involved in regulation of complement. Mutations in CFHR genes have been associated with dense deposit disease and atypical haemolytic-uraemic syndrome. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2015]

Forensic Context

A study in human liver tissues demonstrated that the CFHR2 is a gene biomarker used for liver tissue identification via targeted RNA massively parallel sequencing [Javan et al. DOI:10.1038/s41598-020-63727-9]. In a prototype MPS assay designed to identify ten human organ/tissue types, the CFHR2 was expressed in liver tissue with an average read count of 21,586, confirming its specificity as part of a 46-plex mRNA profiling panel for forensic tissue source determination [Hanson & Ballantyne DOI:10.3390/genes8110319].