Basic Information

Symbol
CFL2
RNA class
mRNA
Alias
Cofilin 2 NEM7 Nemaline Myopathy Type 7 Cofilin 2 (Muscle) Cofilin-2 Cofilin, Muscle Isoform
Location (GRCh38)
14:34709113-34714823
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_138638.5
Sequence length
4306.0 nt
GC content
0.3484

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1078.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1161.60 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 954.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((..((((((((..((((..((((..((....))..))))...))))....)))).))))..))((((((((.(((((....)))))............(((.((((((((((((.(((((((((..((((((((......................))))))))(((........)))..............))))))))).((((((((.(((..((((.....))))((((((....((((((....((.((((.....)))).))......))))))....))))))))).)))))))).....((.(((...(((((((((((..(((.(((((((((.(((((((..((..(((..(((....((((.....))))....))).)))..))..))))))).)))...((((((..((((......))))..))))))...((((.(((.((((((..((((((((((((((((((((..((((((((((((((.((......((((((((.((((((.((((..((...))..)))).))))))..(((((((.......(((..((((.((....(((((...........))))))))))).)))(((((((((..............(((((.......(((........)))......))))).(((((((((........)))))))))..(((((.(((...(((.....)))))).))))).))))))))).................((((....)))).)))))))....((((((.......))))))..)))))))).(((.....))).((((.....)))).)).)))).)))..(((((((.....((....))..))))))).))))))))))))...))))))))))..))))).(((((.........((((((((...(((((((((((((((((((..(((((((((((..(((....)))....)))))).(((....))).(((((((.....)))).))).....((((((...(((.((((..((......))..))))...)))...)))))).....)))))..)))))))))...))))))))))..........(((((.((.....((((((((((((((((..((((.((((((((...((((....((((((((((((.(((.(((...((((((((.(........((((((((((((((((((((((.(((....(((((((((.(((..(((..((((((.((((((((((((((((.((((((((((((((((........((......))..((((....((((...............))))....))))((((((((........)).))))))....))))))).))))))(((((((((((((((.(((((((........)))))))....))))))))..))))))).........)))..)).)))))).))))))))))))))..))).))).)))))))))........(((((.....)))))......((((((...(((........))).))))))(((((((((((((((((((.......))))))).)))))))....)))))((((((((..((...((((....((((..........)))).....))))...)).)))))))).......((((((((((((((...))))))))))).))).......(((((((.(((.((((........)))).)))..)))))))))).)))))))))).))))))))))))).))))).....((((((((((((((..((((.((((..((((((..((((((....))))))..)))))).........)))).)))).)))))))))))))))))...))).))).))))))))))))..)))).......(((.(((((.((.((...(((.((((((((((((......(((........)))(((((...))))).(((((((((((((....))))...)))))))))(((......)))(((..(((.(((((.((((....))).).))))))))..)))..(((((((((((.......)))))))))))))))..))))).))).)))...)).)).))))).))).)))))).......))))))..)))))))............((.(((((((((((..(((.(((((((((.(((((..........))))).))))))))).)))))))))))))).))..)))))))))....)).))))).(((((((((((...(((((((........)))))))..((((((....((((.....))))....))))))(((((.(((......))).)))))..)))))))))))...(((((((....)))))))..(((((..........)))))))))))))..........)))))............)))))).)))))))...))))))(((((.(((((((((.(((.........))).)))))..)))).)))))....)))..)))))))))))))).))...)))))).)))))).))).....((((((((..((((((......((((((........)))))))))))).))))))))((((.((((((((................((((....)))).......((((.((.....))))))...............((((((((.....)))))))).((((((((((((.((..((((((((.....))))))))...(((((...)))))....(((((((((..(((.......(((((((((((((....((((((((((((....))))))))))))((......))...(((.(((((((((((((......((((((....)))))).....((((..((.((((......)))).))..))))...............((((.....((((..(((((..........)))))..))))....))))....((((((((((((((((.....((((.................))))....)))))))))..))))))))))))).))))))))))...((((((((.......))).)))))....((((((..((((((...................)))))))))))))))))))))))))..(((((((.......)))))))((((((((((((((..((((((((.(((.......((.((((((((((((((((.(((.((.((((.(((((((((.......(((((((((..(((((((...(((......)))...)))))))...........(((((((((...(((((..........))))).)))))))))(((((((((((............((....(((.....(((..(((((((((.(((((..((((((.(...(((((.............(((((((......))))))))))))..).)))))).))))).)))))))))...)))...)))..))............)))))))))))(((((((...))))))).(((((((.(((((..((((.(........((((.....(((((((((....(((((((((....((..((........))..))....).))))))))....(((((((......))))))).........................(((((.....))))).)))))))))....))))...).))))..)))))...))))))).......(((....))).....)))))))))..))))).)))).)))).)).))).....((((((((((.........)))))))))).........).))))))))))))))).))..)))))))).......)))..))))))))))))))))))))))))))......((((((.((((..........((((.((((.......)))).))))............)))).)))))))).)))))).))))))......)))))))))))).((((((((((((((((((((.......)))))..))))))...))))))....))).((((((((....(((((((....(((.........)))....))))))))))))))).........))))))))....................((((((((....)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,((..((((((((..((((..((((..((....))..))))...))))....))))}})))..)}|||{{{{{.{((((...,}}}}|.....,,,.,,,||,.((((((((((({{((..((((,...((((((((....,{{{((({,,...,.,|}}}|||,|{||.....,.,}}}}.,,,|,,.....}))|((((..((((.,,...((((((.((((((,((((((((((....((((((....((.((((.....)))).))..}...))))))....))))))))}.,{.((((({.(..,...}.)}))}},}},,.((((((,.(({.{,{{{,,,.|,.|},...}})))))))).....,}),)))))......).))))))......))))..)))),..((((((..((((......))))..))))))...((((.(((.((((((..((((((((((((((((((((..((((((({{(((({.({......((((((((.(((({(,((({{,((,,,,},.}},},|||}},.,|||{{{{},|||,}(({..((({.||...,((({{........,,,}}}}}||||}}.|||,,,,.,..,,,(({{{{{{,...{((((.......(((........)))......))))}.{((((((((........))))))))}..{((((.{({...({,....,}},))).))))),,,,,||||,..,.....,,}},....,((({,..,,))}))}}},,....{|||||,,,,.,,))}))),,)))))))).{((.....}||.{(({.,|.,|}},.}).)))}.)))..(((((((.....((....))..))))))).)))))))))))),..})))))))))..))))).{{(({..,......{(((((({...((((((((((((((((((({{,((((((((((..(((....)))....)))))){((({.,,|||.{{{{,,,...},}}}}.)))}}...((((((.{.(((.((((..((......})..))))...))).,.))))))....,))),)},))))))))}..,)))))))))).,,,,.....,,{{{|||...,.(((((((,((((((((..((((.,.{{((({...{|||....((((((((((({.(((.{{{,,,((({({{,.,.....,,.((((((((((((((((((((((.((({{,,(((((((((.(((..(((..((((((.((((((((((((((((.(({(((((((((((((........((......))..((((.{,.((((...............)))).,,.))))(((((({(........}),})))))....))))))).)))))){((((((((((((((.(((((((........)))))))....))))))))..))))))}.........}))..)).)))))).))))))))))))))..))).))).))))))))),}|,,...(((((.....)))))..,...((((((...(((........))).))))))(((((((((((((((((((.......))))))).))))))}...,)))))((((((((..((...((((.,,.,,{{,,...,,,,,,,,,}}}},))))...)).)))))))).......((((((((((((((...))))))))))).))}.......,{(((({.(((.((((........)))).)))..)))))))))).))))))))))},))))))))))).})},,,..,.|((((((((((((((..{(,{,{(((..((((((..((((((....))))))..))))))......,,,.})}.,)),.))))))))))))))},,..,))).))).})))))))))))..||||.......{((.(((((.{{,(({{{(((.(((((((({(((......,|||.......,||(((({...}))))}{((((((((({((...,|}||..,|||||||}}{{(.,,...}))|{{,,|||,||{{|.|{{,....))),}.)}))))))..|||,,(((((((((((.......)))))))))))})})}}))))),)))},)),..,,....))))).))).|||||,...}}},,.))))..)))))))}.......,{{,((.{((((((((((,,(((.(((((((((.(({(({({,...})})))}).))))))))).)))))))))))))).}},,})))))))).....,}))))}.(((((((((((...(((((((........)))))))..{(((((....{{((.,,,,|}}}....,})))))||{,.{||..,,,,)}}.})},...))))))))))).,,||{{{((,,,,}}})))),.(((((..........))))))))))))).,{{{,,...,}}})..},,,......)))))).)))))))...}}}})).}}},.,.}))))))).........,((((((((((((((((.......,.))))),.})))))))))))))))..)))))))),}))))).|||.....((((((((..((((((......((((((........)))))))))))).))))))))...|}||,,|{{{.,,,.......,,.,,||||,|,,}}}..{{{{(((((,.((,.,{{||,||{,{,,{{{{{......{(((({{{.....))))))}}.((((((((((((.((,,{{((((((,....}}}}}}}}..,|||||,..))))}....{{(({((((..(((.......|{((({{{{{(({...,((((((((((((....))))))))))))|,||||{{||,..{({{(((((({{{{{,,......{(((((,...}}}))}.,,,,{(((..((.((((......)))).))..)))}......,,,|,,,..((((.....((((..(((((..........)))))..))))....)))),,},|{{(((((((((((((.....,{{{..,,.............,}},....)))))))))..)}}}}},,}))}).)}}}))}}},...((((((((.......))).)))))..{{((((({..((((((...................))))))))))))))}}))))))))},.(((((((.......))))))}{(((((((((((((..((((((((,(((.......((.(((((((((((((((,.(((.,{.((((.((((((((,.....,((((((((((..(((((((...(((......)))...)))))))...........(((((((((...(((((..{....,..))))).))))))))){((((((((((.{(,..{{,,,,({{.......{{.{{{||,.,{((((((.(((({..((((((.(...(((((.............(((((((......))))))))))))..).)))))).})))).)))))))||.,},|}}}}}))..)),...........,,}}}})))))(((((((...))))))).(((((((.(((((..((((.{........((((.....(((((((((....((((((((,....({..{{........}}..}}....,.))))))))....(((((((......))))))).........................(((((.....))))).)))))))))....))))...}.))))..)))))...)))))))....,..{{{....))).....)))))))))}))))))}}))).)))).}}.))).....((((((((((.........)))))))))).........)}})))))))))))))).))..))))))))}......,))..)))))))))))))))}))))))))))|||,,.,{{{{{.{{{{,,....||..((((.((((.......)))).)))).......,,,,,)))),))))}})),))))))}}}))))...))})).,}}}}},...((((((((((((((((((((.......)))))..))))))...)))))}...}))).((((((((....(((((((....(((.,,....,,)))....)))))))))))))))...,,{...|||||,,..,,,},,}},..........,,||||||}}..)))))))),

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001243645.2 NCBI
AGUGCCACAGAGCCGAAGCCCGAGCUGCCGCCGCAGCCACAGCCGAGGG… 4409 nt 0.3561
NM_021914.8 NCBI
CCCUUUCGCUUCCACGUCCAAACCCCUUUAAGAAGGAUGAAUGGGCAGG… 4372 nt 0.3465
NM_138638.5 NCBI
AGUGCCACAGAGCCGAAGCCCGAGCUGCCGCCGCAGCCACAGCCGAGGG… 4306 nt 0.3484
Summary

This gene encodes an intracellular protein that is involved in the regulation of actin-filament dynamics. This protein is a major component of intranuclear and cytoplasmic actin rods. It can bind G- and F-actin in a 1:1 ratio of cofilin to actin, and it reversibly controls actin polymerization and depolymerization in a pH-dependent manner. Mutations in this gene cause nemaline myopathy type 7, a form of congenital myopathy. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.