Basic Information

Symbol
CHD1
RNA class
mRNA
Alias
Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 1 Chromodomain-Helicase-DNA-Binding Protein 1 ATP-Dependent Helicase CHD1 CHD-1 EC 3.6.4.- EC 3.6.1 PILBOS
Location (GRCh38)
5:98853985-98929007
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001270.4
Sequence length
8145.0 nt
GC content
0.3829

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2083.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2254.04 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2004.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270.4 NCBI
GCCUCGCGCUCUGUCGGGAAGGGGAGUGAGCAGAGGCGCUUACGUCGCG… 8145 nt 0.3829
NM_001364113.3 NCBI
GCCUCGCGCUCUGUCGGGAAGGGGAGUGAGCAGAGGCGCUUACGUCGCG… 8409 nt 0.3800
NM_001376194.2 NCBI
GCCUCGCGCUCUGUCGGGAAGGGGAGUGAGCAGAGGCGCUUACGUCGCG… 7916 nt 0.3734
Summary

The CHD family of proteins is characterized by the presence of chromo (chromatin organization modifier) domains and SNF2-related helicase/ATPase domains. CHD genes alter gene expression possibly by modification of chromatin structure thus altering access of the transcriptional apparatus to its chromosomal DNA template. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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