Basic Information

Symbol
CHD3
RNA class
mRNA
Alias
Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 3 Mi2-ALPHA Mi-2a ZFH Chromodomain-Helicase-DNA-Binding Protein 3 Mi-2 Autoantigen 240 KDa Protein ATP-Dependent Helicase CHD3 Zinc Finger Helicase CHD-3 HZFH Zinc-Finger Helicase (Snf2-Like) EC 3.6.4.- Mi2-Alpha EC 3.6.1 SNIBCPS
Location (GRCh38)
17:7884796-7912760
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001005273.3
Sequence length
7385.0 nt
GC content
0.5499

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2796.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2932.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1568.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001005271.3 NCBI
AGAGCCACAGGAUGGCUUCCCCUCUGAGGGACGAGGAGGAGGAGGAGGA… 7361 nt 0.5608
NM_001005273.3 NCBI
AUAUCUUUGUUUGGGUCUCCCAUACUGCGUAUAGAUGAAUGGGUCAGGA… 7385 nt 0.5499
NM_005852.4 NCBI
AUAUCUUUGUUUGGGUCUCCCAUACUGCGUAUAGAUGAAUGGGUCAGGA… 7283 nt 0.5489
Summary

This gene encodes a member of the CHD family of proteins which are characterized by the presence of chromo (chromatin organization modifier) domains and SNF2-related helicase/ATPase domains. This protein is one of the components of a histone deacetylase complex referred to as the Mi-2/NuRD complex which participates in the remodeling of chromatin by deacetylating histones. Chromatin remodeling is essential for many processes including transcription. Autoantibodies against this protein are found in a subset of patients with dermatomyositis. Three alternatively spliced transcripts encoding different isoforms have been described. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in humans identified the CHD3 as a diagnostic marker for sepsis, where it was part of a five-gene model constructed via machine learning that achieved an AUC of 0.987 on a validation set and was found to be highly expressed in T cells via single-cell RNA sequencing [Wang et al. DOI:10.3390/ijms26093993]. In a separate investigation of postmortem transcriptome dynamics in zebrafish, the CHD3 was identified as an epigenetic gene whose transcript abundance significantly increased within 0.3 hours postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].