Basic Information

Symbol
CHD7
RNA class
mRNA
Alias
Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 7 KIAA1416 Chromodomain-Helicase-DNA-Binding Protein 7 ATP-Dependent Helicase CHD7 CHARGE Association FLJ20357 FLJ20361 CRG EC 3.6.4.- EC 3.6.1 CHD-7 KAL5 HH5 IS3
Location (GRCh38)
8:60678740-60868028
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_017780.4
Sequence length
11606.0 nt
GC content
0.4767

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3593.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3807.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2947.13
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001316690.1 NCBI
GACCUAUAUCCAGACUUUGCCUGACACUGCAGGGUCCAAGAGAAUUAAA… 5124 nt 0.4692
NM_017780.4 NCBI
GCGCAGGCGCUGGCGUGCUGGGGCCGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCG… 11606 nt 0.4767
Summary

This gene encodes a protein that contains several helicase family domains. Mutations in this gene have been found in some patients with the CHARGE syndrome. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2015]

Forensic Context

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