Basic Information

Symbol
CHD9
RNA class
mRNA
Alias
Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 9 KIAA0308 Peroxisomal Proliferator-Activated Receptor A-Interacting Complex 320 KDa Protein PPAR-Alpha-Interacting Complex Protein 320 KDa Chromodomain-Helicase-DNA-Binding Protein 9 Chromatin-Related Mesenchymal Modulator ATP-Dependent Helicase CHD9 Kismet Homolog 2 FLJ12178 BC022889 PRIC320 CHD-9 CReMM KISH2 PPAR{Gamma}-Interacting Cofactor 320 KDa Chromatin Remodeling Factor CHROM1 Chromatin-Remodeling Factor CHROM1 Ciprofibrate Bound Protein P240 Proteinx0008 EC 3.6.4.- EC 3.6.1 AD013
Location (GRCh38)
16:53054991-53329150
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001308319.2
Sequence length
11547.0 nt
GC content
0.3878

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2931.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3163.19 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2717.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
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NM_001352127.3 NCBI
ACUCCCUCCCUGCCCCGCGCUGACAGGGGGGCCUGGCCGCGCAGCCGGA… 11459 nt 0.3874
NM_001352156.3 NCBI
AGUAUUUUUAACGACAUCUCUAAUAUUCAUGCUGAUGCAUUUUGAUGCU… 10230 nt 0.3866
NM_001352157.3 NCBI
AGUAUUUUUAACGACAUCUCUAAUAUUCAUGCUGAUGCAUUUUGAUGCU… 10182 nt 0.3867
NM_001352158.3 NCBI
GUACUGCAUCGCCAUCUUGAGCUUGUUGCUGUUUCCUCGAGUCUUGGUU… 10058 nt 0.3874
NM_001382353.1 NCBI
ACUCCCUCCCUGCCCCGCGCUGACAGGGGGGCCUGGCCGCGCAGCCGGA… 11507 nt 0.3873
NM_001382354.1 NCBI
GUACUGCAUCGCCAUCUUGAGCUUGUUGCUGUUUCCUCGAGUCUUGGUU… 10106 nt 0.3873
NM_001382355.1 NCBI
GUACUGCAUCGCCAUCUUGAGCUUGUUGCUGUUUCCUCGAGUCUUGGUU… 10103 nt 0.3872
NM_025134.7 NCBI
GCUUCACAGGCGCAGCGACAGCGACAGCGACAGCUCGAACCUGAGUCCC… 11499 nt 0.3879
Summary

Predicted to enable several functions, including ATP binding activity; ATP hydrolysis activity; and DNA helicase activity. Predicted to be involved in chromatin organization. Located in cytosol and nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Apr 2025]

Forensic Context

A study in humans and mice demonstrated that CHD9, identified as a key hub gene, showed significantly elevated expression on sepsis day 1 in patient samples and exhibited diagnostic potential with an area under the receiver operating characteristic curve of 0.8667 [Fang et al. DOI:10.1007/s10142-025-01714-x].