Basic Information

Symbol
CHI3L2
RNA class
mRNA
Alias
Chitinase 3 Like 2 YKL-39 YKL39 Chitinase-3-Like Protein 2 Chondrocyte Protein 39 Chitinase 3-Like 2 CHIL2
Location (GRCh38)
1:111200771-111243440
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004000.3
Sequence length
1416.0 nt
GC content
0.4901

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-473.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -499.65 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 293.46
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001025197.1 NCBI
GACAGGCUGUCGAAACCUCAGUGGAUAAAAGACCUAGAGAAUGUGUAUC… 1456 nt 0.4821
NM_001025199.2 NCBI
AGAUGAAGUGUGGCUCUAUCUUGUAUGUGAGCACACCCACAUUUUCACU… 1475 nt 0.4847
NM_004000.3 NCBI
AGAAGCUGGCCAAGGAUAUGGGAGCAACCACCAUGGACCAGAAGUCUCU… 1416 nt 0.4901
Summary

The protein encoded by this gene is similar to bacterial chitinases but lacks chitinase activity. The encoded protein is secreted and is involved in cartilage biogenesis. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2012]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CHI3L2 exhibited increased polyadenylation in whole blood from patients with viral sepsis compared to those with bacterial infection, identifying it as a candidate post-transcriptional biomarker for distinguishing infection types [He et al. DOI: 10.1186/s12879-025-11078-z]. In a separate human study, the CHI3L2 was identified as part of a macrophage and microglial signature in the brain tissue of sepsis patients, though this specific association was not experimentally investigated in that cohort [Pinheiro da Silva et al. DOI: 10.1111/jcmm.17938]. A study in mice demonstrated that the CHI3L2 is expressed in neutrophils during early wound healing, with mRNA and protein levels peaking at 2 days post-injury [Murase et al. DOI:10.1007/s00414-017-1658-7].