Basic Information

Symbol
CHMP1A
RNA class
mRNA
Alias
Charged Multivesicular Body Protein 1A CHMP1 KIAA0047 Vps46A PCOLN3 PRSM1 Vacuolar Protein Sorting-Associated Protein 46-1 Procollagen (Type III) N-Endopeptidase Chromatin Modifying Protein 1A Charged Multivesicular Body Protein 1/Chromatin Modifying Protein 1 Charged Multivesicular Body Protein 1a VPS46 Homolog A (S. Cerevisiae) Chromatin-Modifying Protein 1a Protease, Metallo, 1, 33kD VPS46 Homolog A HVps46-1 VPS46-1 Vps46-1 CHMP1a PCH8
Location (GRCh38)
16:89640816-89657738
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_002768.5
Sequence length
2342.0 nt
GC content
0.6085

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1015.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1053.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 829.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001083314.4 NCBI
GGCGACCCCGGAAGUCCCCGCCGGGUGCAGCUUGGUCGGUUCGAUCGCC… 2322 nt 0.6098
NM_002768.5 NCBI
GGCGACCCCGGAAGUCCCCGCCGGGUGCAGCUUGGUCGGUUCGAUCGCC… 2342 nt 0.6085
Summary

This gene encodes a member of the CHMP/Chmp family of proteins which are involved in multivesicular body sorting of proteins to the interiors of lysosomes. The initial prediction of the protein sequence encoded by this gene suggested that the encoded protein was a metallopeptidase. The nomenclature has been updated recently to reflect the correct biological function of this encoded protein. Several transcripts encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2012]

Forensic Context

A study in humans and mice identified the CHMP1A as one of eleven apoptosis-related diagnostic marker genes for sepsis through bioinformatic analysis of blood transcriptome data [Sun et al. DOI:10.3389/fgene.2024.1389630].