Basic Information

Symbol
CHRD
RNA class
mRNA
Alias
Chordin
Location (GRCh38)
3:184379381-184390736
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003741.4
Sequence length
3540.0 nt
GC content
0.6610

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1709.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1762.95 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 828.03
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001304472.2 NCBI
GCAGUAGAGCCGCGUACGGCCCGGGUCAGCGCCCGCCCGCCCGCGCUCC… 3537 nt 0.6610
NM_001304473.2 NCBI
GUUCGCGUCAUGCCGAGCCUCCCGGCCCCGCCGGCCCCGCUGCUGCUCC… 4220 nt 0.6182
NM_001304474.2 NCBI
GUUCGCGUCAUGCCGAGCCUCCCGGCCCCGCCGGCCCCGCUGCUGCUCC… 4165 nt 0.6192
NM_003741.4 NCBI
GCAGUAGAGCCGCGUACGGCCCGGGUCAGCGCCCGCCCGCCCGCGCUCC… 3540 nt 0.6610
Summary

This gene encodes a secreted protein that dorsalizes early vertebrate embryonic tissues by binding to ventralizing TGF-beta-like bone morphogenetic proteins and sequestering them in latent complexes. The encoded protein may also have roles in organogenesis and during adulthood. It has been suggested that this gene could be a candidate gene for Cornelia de Lange syndrome. Reduced expression of this gene results in enhanced bone regeneration. Alternative splicing results in multiple transcript variants. Other alternative splice variants have been described but their full length sequence has not been determined. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

A study in cynomolgus macaques demonstrated that acute methamphetamine administration significantly increased hippocampal expression of the CHRD mRNA, which is involved in blocking BMP signaling and synaptic plasticity, while chronic administration resulted in an unchanged or slightly increased expression compared to controls [Choi et al. DOI:10.1016/j.taap.2018.05.031].