Basic Information

Symbol
CHRDL1
RNA class
mRNA
Alias
Chordin Like 1 NRLN1 CHL Chordin-Like Protein 1 Neurogenesin-1 Neuralin-1 Ventroptin MGC1 Megalocornea 1 (X-Linked) DA141H5.1 MGCN VOPT
Location (GRCh38)
X:110673856-110796192
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001143981.2
Sequence length
3860.0 nt
GC content
0.4355

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1187.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1260.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 817.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001143981.2 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3860 nt 0.4355
NM_001143982.2 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3857 nt 0.4356
NM_001143983.3 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3620 nt 0.4307
NM_001367204.1 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3918 nt 0.4382
NM_001367205.1 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3903 nt 0.4389
NM_001367206.1 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3845 nt 0.4362
NM_001367207.1 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3842 nt 0.4362
NM_001367208.1 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3842 nt 0.4362
NM_001367209.1 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3887 nt 0.4379
NM_145234.4 NCBI
AGACCUCGGACGAGAGCGCCCCGGGGAGCUCGGAGCGCGUGCACGCGUG… 3912 nt 0.4384
Summary

This gene encodes an antagonist of bone morphogenetic protein 4. The encoded protein may play a role in topographic retinotectal projection and in the regulation of retinal angiogenesis in response to hypoxia. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described. [provided by RefSeq, Jan 2009]

Forensic Context

A review of human multi-omics studies for biological age estimation identified the CHRDL1 as a proteomic aging biomarker, where it was a top protein associated with aging in a plasma SOMAscan analysis and had the strongest association with age in the circulating proteome from the TwinsUK registry [Solovev et al. DOI:10.1016/j.mad.2019.111192].