Basic Information

Symbol
CHRNA4
RNA class
mRNA
Alias
Cholinergic Receptor Nicotinic Alpha 4 Subunit BFNC Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha Polypeptide 4 Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha 4 (Neuronal) Neuronal Acetylcholine Receptor Subunit Alpha-4 Cholinergic Receptor, Nicotinic Alpha 4 NACRA4 EBN1 EBN Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptor Alpha-4 Subunit Acetylcholine Receptor, Nicotinic, Alpha 4 (Neuronal) NACHRA4 NACHR
Location (GRCh38)
20:63343223-63378401
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000744.7
Sequence length
5583.0 nt
GC content
0.6312

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2448.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2538.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1826.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000744.7 NCBI
GCCCACAGCCCGGCGCUCCCUGCCGCGCCGCCGCCGCACCGCGCCCCAC… 5583 nt 0.6312
NM_001256573.2 NCBI
GCCCACAGCCCGGCGCUCCCUGCCGCGCCGCCGCCGCACCGCGCCCCAC… 5514 nt 0.6282
Summary

This gene encodes a nicotinic acetylcholine receptor, which belongs to a superfamily of ligand-gated ion channels that play a role in fast signal transmission at synapses. These pentameric receptors can bind acetylcholine, which causes an extensive change in conformation that leads to the opening of an ion-conducting channel across the plasma membrane. This protein is an integral membrane receptor subunit that can interact with either nAChR beta-2 or nAChR beta-4 to form a functional receptor. Mutations in this gene cause nocturnal frontal lobe epilepsy type 1. Polymorphisms in this gene that provide protection against nicotine addiction have been described. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CHRNA4 was significantly downregulated (0.12-fold) in injured dorsal root ganglia following spinal nerve ligation, as identified through whole transcriptome RNA sequencing and validated by quantitative real-time PCR [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].