Basic Information

Symbol
CHRNA5
RNA class
mRNA
Alias
Cholinergic Receptor Nicotinic Alpha 5 Subunit Acetylcholine Receptor, Nicotinic, Alpha 5 (Neuronal) Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha 5 (Neuronal) Neuronal Acetylcholine Receptor Subunit Alpha-5 Cholinergic Receptor, Nicotinic Alpha 5 Cholinergic Receptor, Neuronal Nicotinic, Alpha Polypeptide-5 Neuronal Nicotinic Acetylcholine Receptor, Alpha5 Subunit Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha Polypeptide 5 NACHRA5 LNCR2
Location (GRCh38)
15:78565520-78595269
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000745.4
Sequence length
3623.0 nt
GC content
0.4193

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1022.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1092.03 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1048.14
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000745.4 NCBI
ACAUGCGUCCCGAGCCCGCCAGAAGCUGCUAGGCUGAGGCUGCUGUCCC… 3623 nt 0.4193
NM_001307945.2 NCBI
ACAUGCGUCCCGAGCCCGCCAGAAGCUGCUAGGCUGAGGCUGCUGUCCC… 2836 nt 0.4221
NM_001395171.1 NCBI
ACAUGCGUCCCGAGCCCGCCAGAAGCUGCUAGGCUGAGGCUGCUGUCCC… 3493 nt 0.4191
NM_001395172.1 NCBI
ACAUGCGUCCCGAGCCCGCCAGAAGCUGCUAGGCUGAGGCUGCUGUCCC… 2969 nt 0.4227
NM_001395173.1 NCBI
ACAUGCGUCCCGAGCCCGCCAGAAGCUGCUAGGCUGAGGCUGCUGUCCC… 3091 nt 0.4225
NM_001395174.1 NCBI
ACAUGCGUCCCGAGCCCGCCAGAAGCUGCUAGGCUGAGGCUGCUGUCCC… 3085 nt 0.4224
NM_001395175.1 NCBI
ACAUGCGUCCCGAGCCCGCCAGAAGCUGCUAGGCUGAGGCUGCUGUCCC… 2833 nt 0.4218
Summary

The protein encoded by this gene is a nicotinic acetylcholine receptor subunit and a member of a superfamily of ligand-gated ion channels that mediate fast signal transmission at synapses. These receptors are thought to be heteropentamers composed of separate but similar subunits. Defects in this gene have been linked to susceptibility to lung cancer type 2 (LNCR2).[provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that spinal nerve ligation induced significant transcriptional changes in injured dorsal root ganglia, including a 3.25-fold upregulation of the CHRNA5 gene [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].