Basic Information
Symbol
CHRNA6
RNA class
mRNA
Alias
Cholinergic Receptor Nicotinic Alpha 6 Subunit
Alpha(Alpha)6 Nicotinic Acetylcholine Receptor (NAChR) Subunit
Acetylcholine Receptor, Nicotinic, Alpha 6 (Neuronal)
Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha Polypeptide 6
Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha 6 (Neuronal)
Neuronal Acetylcholine Receptor Subunit Alpha-6
Cholinergic Receptor, Nicotinic Alpha 6
CHNRA6
Location (GRCh38)
8:42752620-42796392
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_004198.3
Sequence length
2400.0 nt
GC content
0.4396
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-692.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-737.94 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
627.01
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGAAAGAUCUCAGCCACUCACAGGUGUUCAUCCUCCCGGGGUCCUGUCU… | 2355 nt | 0.4395 | |
| AGAAAGAUCUCAGCCACUCACAGGUGUUCAUCCUCCCGGGGUCCUGUCU… | 2400 nt | 0.4396 |
Summary
This gene encodes an alpha subunit of neuronal nicotinic acetylcholine receptors. These receptors consist of five subunits and function as ion channels involved in neurotransmission. The encoded protein is a subunit of neuronal nicotinic acetylcholine receptors that mediate dopaminergic neurotransmission and are activated by acetylcholine and exogenous nicotine. Alternatively spliced transcript variants have been observed for this gene. Single nucleotide polymorphisms in this gene have been associated with both nicotine and alcohol dependence. [provided by RefSeq, Dec 2010]
Forensic Context
A study in humans identified the CHRNA6 as an element in a robust gene coexpression network associated with cocaine use disorder, specifically involved in nicotinic acetylcholine signaling [Huggett et al. DOI:10.1523/Jneurosci.2879-19.2020]. In a separate study in mice, spinal nerve ligation induced a significant downregulation of the CHRNA6 in injured dorsal root ganglia, indicating its dysregulation in a neuropathic pain model [Wu et al. DOI:10.1177/1744806916629048].