Basic Information

Symbol
CHST14
RNA class
mRNA
Alias
Carbohydrate Sulfotransferase 14 D4ST-1 D4ST1 Carbohydrate (N-Acetylgalactosamine 4-0) Sulfotransferase 14 Carbohydrate (Dermatan 4) Sulfotransferase 14 Dermatan 4 Sulfotransferase 1 HD4ST Dermatan 4-Sulfotransferase 1 EC 2.8.2.35 EDSMC1 HNK1ST HD4ST1 ATCS
Location (GRCh38)
15:40470984-40473158
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Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_130468.4
Sequence length
2175.0 nt
GC content
0.6175

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-933.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -969.67 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 555.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_130468.4 NCBI
GGCCGGGCGGGACAUCCGGCCCGGGUCCCUCGCCGCGCCCGCCGCCCGC… 2175 nt 0.6175
Summary

This gene encodes a member of the HNK-1 family of sulfotransferases. The encoded protein transfers sulfate to the C-4 hydroxyl of N-acetylgalactosamine residues in dermatan sulfate. Mutations in this gene have been associated with adducted thumb-clubfoot syndrome.[provided by RefSeq, Mar 2010]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that formalin-induced inflammatory pain led to the upregulation of the CHST14 gene, which is involved in glycosaminoglycan biosynthesis, as part of the cortical transcriptomic response one hour after injury [Erdei et al. DOI:10.3390/ijms26083538].