Basic Information

Symbol
CHST5
RNA class
mRNA
Alias
Carbohydrate Sulfotransferase 5 I-GLCNAC-6-ST Galactose/N-Acetylglucosamine/N-Acetylglucosamine 6-O-Sulfotransferase 4-Alpha Carbohydrate (N-Acetylglucosamine 6-O) Sulfotransferase 5 N-Acetylglucosamine 6-O-Sulfotransferase 3 Intestinal GlcNAc-6-Sulfotransferase I-GlcNAc6ST GlcNAc6ST-3 GST4-Alpha FLJ22167 Gn6st-3 HIGn6ST Intestinal N-Acetylglucosamine-6-O-Sulfotransferase EC 2.8.2.17 EC 2.8.2.- EC 2.8.2
Location (GRCh38)
16:75528530-75536108
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_024533.5
Sequence length
3554.0 nt
GC content
0.5720

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1586.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1640.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 741.71
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_024533.5 NCBI
GUCUUUCAACUCCUCCCAGCUGGGACACUGCACCGGGAGGCAGCACGGA… 3554 nt 0.5720
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the Gal/GalNAc/GlcNAc 6-O-sulfotransferase (GST) family, members of which catalyze the transfer of sulfate to position 6 of galactose (Gal), N-acetylgalactosamine (GalNAc), or N-acetylglucosamine (GlcNAc) residues within proteoglycans, and sulfation of O-linked sugars of mucin-type acceptors. Carbohydrate sulfation plays a critical role in many biologic processes. This gene is predominantly expressed in colon and small intestine. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that formalin-induced inflammatory pain led to the downregulation of the CHST5 gene, which is involved in glycosaminoglycan metabolism, as part of a broader transcriptomic response in the primary somatosensory cortex [Erdei et al. DOI:10.3390/ijms26083538].