Basic Information

Symbol
CHSY1
RNA class
mRNA
Alias
Chondroitin Sulfate Synthase 1 CSS1 KIAA0990 Glucuronosyl-N-Acetylgalactosaminyl-Proteoglycan 4-Beta-N-Acetylgalactosaminyltransferase 1 N-Acetylgalactosaminyl-Proteoglycan 3-Beta-Glucuronosyltransferase 1 Chondroitin Glucuronyltransferase 1 Chondroitin Synthase 1 ChSy-1 CHSY Carbohydrate (Chondroitin) Synthase 1 N-Acetylgalactosaminyltransferase II Chondroitin Glucuronyltransferase II N-Acetylgalactosaminyltransferase 1 Carbohydrate Synthase 1 EC 2.4.1.175 EC 2.4.1.226 TPBS
Location (GRCh38)
15:101175727-101252048
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014918.5
Sequence length
4662.0 nt
GC content
0.5026

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1615.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1705.50 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1332.55
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_014918.5 NCBI
AUUCACUUUUGCGCCAAUCGCGCGGCGCGGACGGAUCCCGAGAGGGGCC… 4662 nt 0.5026
Summary

This gene encodes a member of the chondroitin N-acetylgalactosaminyltransferase family. These enzymes possess dual glucuronyltransferase and galactosaminyltransferase activity and play critical roles in the biosynthesis of chondroitin sulfate, a glycosaminoglycan involved in many biological processes including cell proliferation and morphogenesis. Decreased expression of this gene may play a role in colorectal cancer, and mutations in this gene are a cause of temtamy preaxial brachydactyly syndrome. [provided by RefSeq, Dec 2011]

Forensic Context

A study in humans identified a molecular signature of chronic cocaine abuse in postmortem midbrain dopamine neurons, where the CHSY1 transcript was upregulated 1.4-fold in cocaine abusers and its expression level was diagnostic for assigning subjects to the cocaine-abusing cohort [Bannon et al. DOI:10.1038/Npp.2014.70].