Basic Information

Symbol
CIITA
RNA class
mRNA
Alias
Class II Major Histocompatibility Complex Transactivator MHC Class II Transactivator MHC2TA C2TA NLRA Nucleotide-Binding Oligomerization Domain, Leucine Rich Repeat And Acid Domain Containing NLR Family, Acid Domain Containing Class II, Major Histocompatibility Complex, Transactivator MHC Class II Transactivator Type III MHC Class II Transactivator Type I EC 2.7.11.1 EC 2.3.1.- CIITAIV MHC2D1
Location (GRCh38)
16:10866222-10943021
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000246.4
Sequence length
16061.0 nt
GC content
0.5272

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-6252.84 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: 100000.00 kcal/mol
Frequency: inf
Diversity: 0.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000246.4 NCBI
AGUGAUGAGGCUAGUGAUGAGGCUGUGUGCUUCUGAGCUGGGCAUCCGA… 16061 nt 0.5272
NM_001286402.1 NCBI
GGUUAGUGAUGAGGCUAGUGAUGAGGCUGUGUGCUUCUGAGCUGGGCAU… 4657 nt 0.6017
NM_001286403.2 NCBI
AGUGAUGAGGCUAGUGAUGAGGCUGUGUGCUUCUGAGCUGGGCAUCCGA… 14309 nt 0.5119
NM_001379330.1 NCBI
AGUGAUGAGGCUAGUGAUGAGGCUGUGUGCUUCUGAGCUGGGCAUCCGA… 4679 nt 0.5580
NM_001379331.1 NCBI
AGUGAUGAGGCUAGUGAUGAGGCUGUGUGCUUCUGAGCUGGGCAUCCGA… 4676 nt 0.5582
NM_001379332.1 NCBI
AGUGAUGAGGCUAGUGAUGAGGCUGUGUGCUUCUGAGCUGGGCAUCCGA… 4826 nt 0.5607
NM_001379333.1 NCBI
AGUGAUGAGGCUAGUGAUGAGGCUGUGUGCUUCUGAGCUGGGCAUCCGA… 4823 nt 0.5609
NM_001379334.1 NCBI
ACAGACUUGCCGCGGCCCCAGAGCUGGCGGGAGGGAGAGGCCACCAGCA… 4721 nt 0.5615
Summary

This gene encodes a protein with an acidic transcriptional activation domain, 4 LRRs (leucine-rich repeats) and a GTP binding domain. The protein is located in the nucleus and acts as a positive regulator of class II major histocompatibility complex gene transcription, and is referred to as the "master control factor" for the expression of these genes. The protein also binds GTP and uses GTP binding to facilitate its own transport into the nucleus. Once in the nucleus it does not bind DNA but rather uses an intrinsic acetyltransferase (AT) activity to act in a coactivator-like fashion. Mutations in this gene have been associated with bare lymphocyte syndrome type II (also known as hereditary MHC class II deficiency or HLA class II-deficient combined immunodeficiency), increased susceptibility to rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, and possibly myocardial infarction. Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2013] CIViC Summary for CIITA Gene

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.