Basic Information

Symbol
CILP
RNA class
mRNA
Alias
Cartilage Intermediate Layer Protein HsT18872 CILP1 Cartilage Intermediate Layer Protein, Nucleotide Pyrophosphohydrolase Cartilage Intermediate Layer Protein 1 CILP-1 Cartilage Intermediate Layer Protein 1 C1 Cartilage Intermediate Layer Protein 1 C2 Cartilage Intermediate-Layer Protein
Location (GRCh38)
15:65194760-65211478
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_003613.4
Sequence length
5678.0 nt
GC content
0.5271

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2099.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2195.17 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1166.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_003613.4 NCBI
AGGCGAAGGCUUGGACCCCCAGCUGAGGAGUCCUGCUCAAGACACGGUC… 5678 nt 0.5271
Summary

Major alterations in the composition of the cartilage extracellular matrix occur in joint disease, such as osteoarthrosis. This gene encodes the cartilage intermediate layer protein (CILP), which increases in early osteoarthrosis cartilage. The encoded protein was thought to encode a protein precursor for two different proteins; an N-terminal CILP and a C-terminal homolog of NTPPHase, however, later studies identified no nucleotide pyrophosphatase phosphodiesterase (NPP) activity. The full-length and the N-terminal domain of this protein was shown to function as an IGF-1 antagonist. An allelic variant of this gene has been associated with lumbar disc disease. [provided by RefSeq, Sep 2010]

Forensic Context

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