Basic Information

Symbol
CLCNKA
RNA class
mRNA
Alias
Chloride Voltage-Gated Channel Ka ClC-K1 Chloride Channel Protein ClC-Ka Chloride Channel Ka HClC-Ka CLCK1 Chloride Channel, Voltage-Sensitive Ka Chloride Channel, Kidney, A
Location (GRCh38)
1:16018146-16034109
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004070.4
Sequence length
2491.0 nt
GC content
0.5913

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-996.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1040.76 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 874.03
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042704.2 NCBI
AGUUCAGCCGCAGCAGGAGGACUGACAGGGGCCUGAUGGAGGAGUUGGU… 2488 nt 0.5912
NM_001257139.2 NCBI
AGUUCAGCCGCAGCAGGAGGACUGACAGGGGCCUGAUGGAGGAGUUGGU… 2362 nt 0.5910
NM_004070.4 NCBI
AGUUCAGCCGCAGCAGGAGGACUGACAGGGGCCUGAUGGAGGAGUUGGU… 2491 nt 0.5913
Summary

This gene is a member of the CLC family of voltage-gated chloride channels. The encoded protein is predicted to have 12 transmembrane domains, and requires a beta subunit called barttin to form a functional channel. It is thought to function in salt reabsorption in the kidney and potassium recycling in the inner ear. The gene is highly similar to CLCNKB, which is located 10 kb downstream from this gene. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CLCNKA was identified as a candidate forensic biomarker of hypothermia, showing a 0.542-fold reduction in expression in lung tissue from hypothermia-exposed animals compared to controls via DNA microarray analysis [Takamiya et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2020.101789].