Basic Information

Symbol
CLDN10
RNA class
mRNA
Alias
Claudin 10 CPETRL3 OSP-L Oligodendrocyte-Specific Protein-Like Claudin-10 OSP-Like Protein OSP-Like HELIX OSPL
Location (GRCh38)
13:95433604-95579759
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006984.5
Sequence length
2466.0 nt
GC content
0.4120

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-682.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -733.70 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 863.87
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001160100.2 NCBI
AAAGUGUUCUCUAUCGGCUGCAUGCCUAGACCACCAAAGCGUUCUGACC… 2448 nt 0.4044
NM_006984.5 NCBI
GAGCCGGAGAGCGAGCGCGGCUGCAGCCGGCGGCAUGGCUAGCACGGCU… 2466 nt 0.4120
NM_182848.4 NCBI
AAAGUGUUCUCUAUCGGCUGCAUGCCUAGACCACCAAAGCGUUCUGACC… 2505 nt 0.4056
Summary

This gene encodes a member of the claudin family. Claudins are integral membrane proteins and components of tight junction strands. Tight junction strands serve as a physical barrier to prevent solutes and water from passing freely through the paracellular space between epithelial or endothelial cell sheets, and also play critical roles in maintaining cell polarity and signal transductions. The expression level of this gene is associated with recurrence of primary hepatocellular carcinoma. Six alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been reported, but the transcript sequences of some variants are not determined.[provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

A study in rhesus macaques demonstrated that the CLDN10 transcript was among the top dysregulated genes in lung tissue following whole-thorax irradiation, being upregulated as a common differentially expressed gene in irradiated animals and associated with acute and chronic lung injury and epithelial-mesenchymal transition [Thakur et al. DOI:10.1016/j.ijrobp.2021.03.058]. In a mouse model of traumatic brain injury, spatial transcriptomic analysis found the CLDN10 gene was downregulated in the neocortex, corpus callosum-external capsule, and striatum at two days post-injury [Kounelis-Wuillaume et al. DOI:10.1177/08977151251390528]. A study in rhesus macaques demonstrated that whole-thorax irradiation induced significant transcriptomic dysregulation in lung tissue, with CLDN10 identified as one of the top upregulated transcripts among common differentially expressed genes in irradiated animals, associating it with acute and chronic lung injury and epithelial-mesenchymal transition [Priyanka Thakur et al. DOI:10.1016/j.ijrobp.2021.03.058].