Basic Information

Symbol
CLDN19
RNA class
mRNA
Alias
Claudin 19 Claudin-19 HOMG5
Location (GRCh38)
1:42733093-42740254
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_148960.3
Sequence length
2841.0 nt
GC content
0.5924

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1219.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1264.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 718.86
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001123395.2 NCBI
ACUGCCUUUGCUCCAGCCGCUGCCGCCGCACCACCUCUCCUUCUCUGCC… 3584 nt 0.6004
NM_001185117.2 NCBI
ACUGCCUUUGCUCCAGCCGCUGCCGCCGCACCACCUCUCCUUCUCUGCC… 3499 nt 0.6013
NM_148960.3 NCBI
ACUGCCUUUGCUCCAGCCGCUGCCGCCGCACCACCUCUCCUUCUCUGCC… 2841 nt 0.5924
Summary

The product of this gene belongs to the claudin family. It plays a major role in tight junction-specific obliteration of the intercellular space, through calcium-independent cell-adhesion activity. Defects in this gene are the cause of hypomagnesemia renal with ocular involvement (HOMGO). HOMGO is a progressive renal disease characterized by primary renal magnesium wasting with hypomagnesemia, hypercalciuria and nephrocalcinosis associated with severe ocular abnormalities such as bilateral chorioretinal scars, macular colobomata, significant myopia and nystagmus. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2010]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that the CLDN19 was upregulated in the plantaris muscle of hindlimb-unloaded animals, an effect mediated by the collaborative action of miR-182 and decreased miR-489-3p [Song et al. DOI:10.1097/BCR.0000000000000444].