Basic Information

Symbol
CLEC16A
RNA class
mRNA
Alias
C-Type Lectin Domain Containing 16A KIAA0350 C-Type Lectin Domain Family 16 Member A Gop-1 Protein CLEC16A C-Type Lectin Domain Family 16, Member A
Location (GRCh38)
16:10944539-11182186
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015226.3
Sequence length
6812.0 nt
GC content
0.5515

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2534.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2647.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1271.32
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001243403.2 NCBI
AGUGCUGGGCUGUGGGCCGGGGAGGAAGGCGGCUCGCGGUUCCUCCACC… 2939 nt 0.5366
NM_001410905.1 NCBI
AGUGCUGGGCUGUGGGCCGGGGAGGAAGGCGGCUCGCGGUUCCUCCACC… 6806 nt 0.5517
NM_015226.3 NCBI
AGUGCUGGGCUGUGGGCCGGGGAGGAAGGCGGCUCGCGGUUCCUCCACC… 6812 nt 0.5515
Summary

This gene encodes a member of the C-type lectin domain containing family. Single nucleotide polymorphisms in introns of this gene have been associated with diabetes mellitus, multiple sclerosis and rheumatoid arthritis. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

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