Basic Information

Symbol
CLEC2D
RNA class
mRNA
Alias
C-Type Lectin Domain Family 2 Member D LLT1 CLAX OCIL Lectin-Like Transcript 1 C-Type Lectin Superfamily 2, Member D Lectin-Like NK Cell Receptor Osteoclast Inhibitory Lectin C-Type Lectin Related F LLT-1 C-Type Lectin Domain Family 2, Member D
Location (GRCh38)
12:9664969-9699553
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Forensic psychiatry evaluation Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013269.6
Sequence length
5277.0 nt
GC content
0.3798

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1328.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1444.71 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1303.85
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001004419.5 NCBI
ACUCAUAGAAACUGGAGGCAAAAUGCAUGACAGUAACAAUGUGGAGAAA… 5359 nt 0.3803
NM_001197317.3 NCBI
ACUCAUAGAAACUGGAGGCAAAAUGCAUGACAGUAACAAUGUGGAGAAA… 5166 nt 0.3802
NM_001197318.3 NCBI
ACUCAUAGAAACUGGAGGCAAAAUGCAUGACAGUAACAAUGUGGAGAAA… 5173 nt 0.3787
NM_001197319.3 NCBI
ACUCAUAGAAACUGGAGGCAAAAUGCAUGACAGUAACAAUGUGGAGAAA… 5062 nt 0.3791
NM_013269.6 NCBI
ACUCAUAGAAACUGGAGGCAAAAUGCAUGACAGUAACAAUGUGGAGAAA… 5277 nt 0.3798
Summary

This gene encodes a member of the natural killer cell receptor C-type lectin family. The encoded protein inhibits osteoclast formation and contains a transmembrane domain near the N-terminus as well as the C-type lectin-like extracellular domain. Several alternatively spliced transcript variants have been identified for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2010]

Forensic Context

A study in human postmortem brain tissue identified the CLEC2D as an OUD-specific hub gene in the dorsolateral prefrontal cortex co-expression network, located proximal to a long non-coding RNA implicated in neuroinflammation [Seney et al. DOI:10.1016/j.biopsych.2021.06.007].