Basic Information

Symbol
CLEC5A
RNA class
mRNA
Alias
C-Type Lectin Domain Containing 5A MDL-1 C-Type Lectin Domain Family 5 Member A CLECSF5 C-Type (Calcium Dependent, Carbohydrate-Recognition Domain) Lectin, Superfamily Member 5 C-Type Lectin Superfamily Member 5 MDL1 C-Type Lectin Domain Family 5, Member A Myeloid DAP12-Associating Lectin-1 Myeloid DAP12-Associating Lectin 1
Location (GRCh38)
7:141927357-141947007
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_013252.3
Sequence length
3502.0 nt
GC content
0.4186

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-954.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1026.25 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 933.49
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001301167.2 NCBI
GUAUUUCUUGGGGAUGCUACCAAGGCAGAGACUGUGAAGAAGGAAGAAC… 3433 nt 0.4171
NM_013252.3 NCBI
GUAUUUCUUGGGGAUGCUACCAAGGCAGAGACUGUGAAGAAGGAAGAAC… 3502 nt 0.4186
Summary

This gene encodes a member of the C-type lectin/C-type lectin-like domain (CTL/CTLD) superfamily. Members of this family share a common protein fold and have diverse functions, such as cell adhesion, cell-cell signalling, glycoprotein turnover, and roles in inflammation and immune response. The encoded type II transmembrane protein interacts with dnax-activation protein 12 and may play a role in cell activation. Alternative splice variants have been described but their full-length sequence has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.