Basic Information

Symbol
CLGN
RNA class
mRNA
Alias
Calmegin Testis Tissue Sperm-Binding Protein Li 79P
Location (GRCh38)
4:140387952-140427661
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004362.3
Sequence length
2725.0 nt
GC content
0.3681

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-660.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -716.39 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 659.98
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130675.2 NCBI
AGUAGUCGCUGCUGCGCGGCCGCCGGCGGGACUGGUCUGAAGAGACGCG… 2809 nt 0.3713
NM_004362.3 NCBI
AGUAGUCGCUGCUGCGCGGCCGCCGGCGGGACUGGUCUGAAGAGACGCG… 2725 nt 0.3681
Summary

Calmegin is a testis-specific endoplasmic reticulum chaperone protein. CLGN may play a role in spermatogeneisis and infertility. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CLGN was down-regulated in brain tissue at 8 hours (0.439-fold) and 24 hours (0.411-fold) following whole-body irradiation with 10 Gy γ-rays, identifying it as a protein transport/folding marker responsive to ionizing radiation [Zhao et al. DOI:10.1158/1078-0432.CCR-05-2418].