Basic Information

Symbol
CLINT1
RNA class
mRNA
Alias
Clathrin Interactor 1 ENTH EPNR KIAA0171 CLINT Epsin-Related Protein Enthoprotin EpsinR EPN4 Clathrin Interacting Protein Localized In The Trans-Golgi Region Clathrin-Interacting Protein Localized In The Trans-Golgi Region Epsin 4 Epsin-4 Clint
Location (GRCh38)
5:157785743-157859169
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Chronological age estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_014666.4
Sequence length
3952.0 nt
GC content
0.4018

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1059.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1138.61 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1306.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((((((((.(((((((.(((((....)))))...((((....((((((((((.(((((.((((.(.(((((....)).)))).)))).))))).))))))).))).....))))..(((((((.(.................).)))))))...)))).)))))))))......(((((((((...((.(((......))).))....))))..)))))....((((...)))).((((...)))).....)))))).)).......(((((((.((((((((((((((((((((((......))).))))).....((((....)))).......(((((((........((((((((((((((.....((((....)))).....(((....((((...(((............))).))))...))).(((....)))....)))))))))))))).......(((........)))......((((...)))).))))))).........(((((((((((((((((((((((..((..........((....))((((..(((((((.((((..((((((((((.(.((((......)))).)((((((((((((((((.(((((((((((((((.(..((((((((((((((.((.((((((((..(((..((.....(((((((((((((.((((.(.((((........)))).).)))).((((............((((((((.((((((((..((.......)).))))))))........))))))))...(((((....)))))((((((((((((((.......((((....))))....(((((.((..(((((...(((((((.............(((((((.((.((....)).)).((((....)))).(((((..(((((.((..........))...)))))..((((..((((..................(((.((((..........((((..((((.....(((((.((((((((..........(((....(((((..((.......)).)))))...))).........((((((.....))))))...(.(((.(((((((((((.((((((((....((((((((..((((((((....)))).)))).....))))))))....))).))))).))))))))).))..))).).)))))))).))))).(((((((.((((((.((.......))...)))))).))))))).))))...))))))))))).......(((......))).((((((...(((.((((((((((((((((.(((...))).)))))....))))))))))).)))....))).))))))).))))...))))).)))))))...)))))))...)))))))))))).(((((..((((.(((((((((.(......(((((.(((........(((......))).......))).)))))).))).))))))..((((.(((((.(((.....(((.((((......))))))).((((....))))..)))...)))))))))((((((((.....((((((((...............(((.....)))........(((((((((((((.((((((......))))))..(((..(((.((....)).)))...)))))))..((((((((((((.((((.((....((((((......)))).)).......)))))).))))).....)))))))...(((.(((((((..((((..((((((((.((((....((((((.(((.(((.((...((....))...)).))).))).))..))))..)))).))))))))..))))..))).))).).)))))))))))).))))).)))...))))..))))...))))..)))))............))))))))))).)))..))))....((.((((((((...((((.((((...........((((((...(((((((.((((((((.(((............((...)).((((((((((.(.(((((((((((.....(((((....((((.........(((((..((((((...(((......)))........((.((((((((....)))))))).))........(((((..((((((...((.((((((.((((((..((((..(((((.......)))))((....(((((......)))))....)).))))..)))....))).)))))).)).((((((.((((.....((.(((.....))).))....))))..))))))))))))..))))).))))))))))).........))))...)))))))))))))))).).)))))).))))...))).)))))))).))))))).....))))))....((((((((..((((((.......))))))..(((((((((((((((....))))))))..........)))))))...))))))))....)))).)))))))))))).))......))))).))))))))..)).)))..))))))))))..((((((..(((((....(((((((..((((..(((..((((((....((((((.(((((((....)))))))..(((((((((.....(((((.((....((.((((((....))))))))(((((((.................(((((.((((....)))).))))))))))))............((((((.(((.(((.(((.((((...))))))).))).))).))))))...........))))))))))).)))))..(((((((.((((...((((..(((((...(((....)))...)))))..))))...)))).)))))))........))).)))....))))))..))))))).)))))))..........))))).....))))))............(((((((((((..(((......)))........)))))))))))))))))))).)))))..).....((((((((((((..(.....)..)))))))))))).)))))))))))))))....(((((.((((((((((((.(((((...)))))......)))))))..))))).)))))...((((.......))))((((((((.(((((((.((((.............((((......))))...........)))).)))))))...((((((((...))))))))...)))))))).........(((((((.(((...))).)))))))....(((((.............)))))))))..)))))))))))).......((((....((.....))....))))........))))))))))..........(((((((((...)))))))))....((((........((((((.(((......))).))))))........))))))))...))).)))).)))).))..))))))))).))))).)))))))))(((((((.(((.((((((...((((....(((((((....)))..))))..))))....)))))).))).)))))))..(((.(((.......))).)))((((((((((.(((((.(((....................)))..))))).)))))(((((.(((((....))))).)))))......(((((...))))).)))))....)))))...)))))))))...........)))))))(((.((((((..((((((((((((.(((((..................))))).)))))))).)))).....)))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((({,{.(((((((((((((.,,||}}}})))))}..{{{{,}.,|{((((((((.(((((.((((.(.(((((....)).)))).)))).))))).))))))).)}|.,,{.||||{,(((((((.(,,,,(,,.,,.,{,.,,|,|}}}}))|}|}|{{{{|,,,|{{|{(((...}}}}|||,...||}|||,.,.{(((((......))))))..|}|,,..{({,...|}}}.{{({...}}}}.,|||||}}||,|}.......{{{{{{{,||{{|{||||{((.((((((((......))).))))).}}},{{{{,...|}|}.,.,,..,{{{{{{.,{{{,{{(((,{{((((((({.,...((((....}}}),|,....|.,}}||||..,,|}}}}}}}}},,},,)},))))}.,}}|.{{{,...,}}..,|||||||||,|||||.{{....,,,...}}.}}))).}},.}}}}}},.}.,)})))))),..,.,||||{{{((((((((((({{(((((((,..,{{,,...,,{{,...,||(((({{(({,{((,((({..{(((((((((,(,(({(......||}}.,((((((((((((((({.(((((((((((((((.,..{{{(((((,.,|||}}|,({{{{{{(,{(({{{{{{,,,{(((((((({,,,(,((({.{.((((........)))).|.}}||{(((({......,....({({{{|||{({{{{((,,({.....,,||,||||||||....,,,,|}}}}}}),,}|{{{{.,..}})))||,,,{((((({((,......(((,....))))|,{,{((((.{({,,,{{{,..({((((({{{{{,{.,,,,,(((((((.(({((....,|.,..{(({....)))}.,||||}}|||{........,,...,},...,,,,,..((((..,{,{..,........,,,.,,,,.((.....)).......,,{{,......,,..{((({.((((((((..........{((,...(((((..{{.......}}.)))))...))).........((((((.....))))))...|.(((.(((((((((((.((((((((....((((((((,,((((((((....)))},))))},...))))))))....))),})))).))))))))).))..))).,.)))))))).))))}.(((((((.((((((.{{.......,}...)))))).))))))),|||||,,|((,|.,}}.,},||},,(((......))).||||||},.(((.((((((((((((((((.(((...))).)))))....))))))))))).)))....,,..|||||||,}|||..|||}||{|||}|},..,||||}}}..|||||||||||||.{(({{,.{.{||(((((((((.{......(((((.(((........(((......))).......))).)))))}.)))}}})))}..{{{,}|||||.||,.....|||}|||{|,||||.|||||||(|{...{{|,||..,|,.,.,))})))))((({{(((.....{((({(((,........,,..,||||..,,,|||,.......(((((((((((((,((((((......)))))|,..,,..,,,,||..,.}|.}}}...}))}}}}..{{{{{(((((((.((((.{{....||(({{......)))).}},,,{,{{||}|||.}}},,.....)))}})),,}||||,((((((..((((..((((((((.((((.,..((((((.(((.(((.({...((....))...)}.))).))).))..)))).,)))}.))))))))..))))..))).))),),}))))))))))).})))}||}|.,,}}}},.}))).,,||||{{|,,,,.}}}..}},)}.}))))))},)),)}),,,})}.|{,{,.((((((((,..((((,{{{,...........,{{|||,},|||||{{.{{{{{{{{,{{{,,,,...,,...||,,,}},{{,{(({{{{,(,(({(((({{{,..,,,,||||,..,||,{{{{{{,{,..,{{,..,........|||...,,,)))........||,||{{{{{{....}|||||||,,,.|}}}}}}|||||},{|||{,.,,||.((((((,((((((..((((..{{{{{....,,,|}|},({....(((((......)))))....}}.))))..)))},.,}),.)))))).}},{{{{{,.((({.....{|}|||,..,.)})})})}}})))),.},}}))))))))..}))))..}}}},,,))}||||}}}},,)}},,.}))))))))))))))),),)))))))))))}}.}}},)))))))}.))))))),....}))))}|||||{{{((((..,{{{{{.....,,)))}}}..,(((({{((({{{{{....}))}))))..,},,.....,,,,,}.,.|}}}))}}}}}.)))).,}}}}}}})))}.||((({{{({,,,.,..,}}|,.,})})))}}}}}}}}))}}..,}}|},.,,|,...,,,}}||||}...,,,,,||,....((((({...})))))(((((((....))))))).,|{{{{{,||.....,,,,,.))))},{{.{(((((....})))))}}(((((((..,.(({(({{{{,,..,{{{{,((((....}}}},))))).||,|,|{{{{{.{{{,..{(((((.(((.(((.(((.((((...))))))).))).))).))))}}...........{,||||.{((.(((((((((,{,,.....,|...}}}}}}}}|,}}}}|||.,,{|},...,,)),,{||||{{.,|||.||{{||{,,.,({,,,,,,,,,.,}},,}||||||,,|||,,,||||||,.|},|}||},.,))}}}}}},}))}.}}}}))},}},,{{(((({((({{{{{......)))||,.....,})))))))}}))))))))},.))))))).....((((((((((((..(.....)..)))))))))))}.})))))))))))))),,..(((((.((((((((((((,(((((...)))))......))))))}.,))))).))))}...|,.,..,{{..,,,,,|||{{{{,{({{{,,.,,|,,,,,,{{...||,|,{{......}}}}........|||||||{|}|||||...{(((((({...))))))))...,,}}},||,,|,.....|||||{{.(({...))),)))))}}....(((((.,,.......||.)))))}))}..,})))))))))),,..,,,||||,,..{|,..,})},...,},}..,..,.,})))))))}|{{{{{{,,.,{{{{{{{{{.,,))))))))}.}},||||.,}.||..((((((.(((......))).))))))........|}||||{,..{{...,,)).,,))))),})))})))))}})))),}))}))}}}{{{{{((.{{|.{{(|||,..((((.,..{(((((,.,,,|}}..}}}}..}}}}.,,,)))))),})).)))}))),}}}))}}}}}},,.,||||,}|||||||,,||.{|{||.,,||,,,...,|}},,..}},,,}||,.,,,}}.}}))}(((((.(((((....))))).)))))......(((({...)))))}))}}}||,,},,,,,.,)))))))))..........,))))}}|{({,({((({.,{{{{{{{||||{.{{{{{,,,,,,,,,,,..,,,,,))))),))))))}}.}}},...},)))))),)},.

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001195555.2 NCBI
GCGUCUCGACGUGUCACCGGCGGCGCCGCUGCUGUGGCAAAGGAAGGAG… 4006 nt 0.4021
NM_001195556.2 NCBI
GCGUCUCGACGUGUCACCGGCGGCGCCGCUGCUGUGGCAAAGGAAGGAG… 3983 nt 0.4007
NM_014666.4 NCBI
GCGUCUCGACGUGUCACCGGCGGCGCCGCUGCUGUGGCAAAGGAAGGAG… 3952 nt 0.4018
Summary

This gene encodes a protein with similarity to the epsin family of endocytic adapter proteins. The encoded protein interacts with clathrin, the adapter protein AP-1 and phosphoinositides. This protein may be involved in the formation of clathrin coated vesicles and trafficking between the trans-Golgi network and endosomes. Mutations in this gene are associated with a susceptibility to schizophrenia and psychotic disorders. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2010]

Forensic Context

A study in humans identified the CLINT1 as an important gene in a lasso regression model for predicting chronological age from bloodstain RNA, where it had a positive coefficient in the RNAgE data set [Dørum et al. DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102976]. This research, which analyzed RNA-Seq data from dried blood stains and public whole blood samples, generated a lasso-selected gene list that achieved a mean absolute error of 4.46 years for age prediction in the RNAgE cohort, demonstrating the efficacy of this biomarker within a multi-gene panel for forensic age estimation.