Basic Information

Symbol
CLIP3
RNA class
mRNA
Alias
CAP-Gly Domain Containing Linker Protein 3 CLIPR-59 RSNL1 Cytoplasmic Linker Protein 170-Related 59 KDa Protein CAP-Gly Domain-Containing Linker Protein 3 CLIP-170-Related 59 KDa Protein Restin-Like 1 CLIPR59 CLIP-170-Related
Location (GRCh38)
19:36014660-36033343
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_015526.3
Sequence length
3350.0 nt
GC content
0.5770

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1109.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1169.64 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 833.21
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001199570.2 NCBI
GCGACUGAGGGGCCUGACGCGGGAGGAGAAGAAUGGGGGGCUGGGCCUG… 3420 nt 0.5810
NM_015526.3 NCBI
CUCUCCGCCCCCACCCCCUGUCGGCGUCUGGGCCUCGUCCCCUUCUCUC… 3350 nt 0.5770
Summary

This gene encodes a member of the cytoplasmic linker protein 170 family. Members of this protein family contain a cytoskeleton-associated protein glycine-rich domain and mediate the interaction of microtubules with cellular organelles. The encoded protein plays a role in T cell apoptosis by facilitating the association of tubulin and the lipid raft ganglioside GD3. The encoded protein also functions as a scaffold protein mediating membrane localization of phosphorylated protein kinase B. Alternatively spliced transcript variants have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2010]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.