Basic Information

Symbol
CLK1
RNA class
mRNA
Alias
CDC Like Kinase 1 Dual Specificity Protein Kinase CLK1 CDC-Like Kinase 1 EC 2.7.12.1 CLK Protein Tyrosine Kinase STY CDC28/CDC2-Like Kinase CLK/STY STY
Location (GRCh38)
2:200853009-200864697
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004071.4
Sequence length
1847.0 nt
GC content
0.3860

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-454.80 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -492.74 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 439.81
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001162407.1 NCBI
AAGACGCAGGAGGGAGCGGACUAGGUGACAGGGCCGUUCCUGUGAGCCU… 2213 nt 0.4446
NM_004071.4 NCBI
AUUUUGUUGUUGGUGCGCGACGCAGUCAGCUGCGUGAUUCCCGUGAUUG… 1847 nt 0.3860
Summary

This gene encodes a member of the CDC2-like (or LAMMER) family of dual specificity protein kinases. In the nucleus, the encoded protein phosphorylates serine/arginine-rich proteins involved in pre-mRNA processing, releasing them into the nucleoplasm. The choice of splice sites during pre-mRNA processing may be regulated by the concentration of transacting factors, including serine/arginine rich proteins. Therefore, the encoded protein may play an indirect role in governing splice site selection. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2009]

Forensic Context

No relevant information is available at the moment.