Basic Information

Symbol
CLOCK
RNA class
mRNA
Alias
Clock Circadian Regulator BHLHe8 Circadian Locomoter Output Cycles Protein Kaput KIAA0334 KAT13D Class E Basic Helix-Loop-Helix Protein 8 EC 2.3.1.48 Circadian Locomoter Output Cycles Kaput Protein Clock (Mouse) Homolog Clock Homolog (Mouse) Clock Homolog BHLHE8 HCLOCK
Location (GRCh38)
4:55427903-55547491
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Postmortem interval inference Sudden unexpected death diagnosis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004898.4
Sequence length
10470.0 nt
GC content
0.3758

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2671.68 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2880.01 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2981.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001267843.2 NCBI
GUCUGACUCCAGCGACCGCGCGCGGGUUCGAGGGUUGGCGGCGAGGCGC… 10979 nt 0.3766
NM_004898.4 NCBI
GCUGACGACGCAUGCGCCGGGAGGGGGCGCAAUCACGGACUCGGCUUGC… 10470 nt 0.3758
Summary

The protein encoded by this gene plays a central role in the regulation of circadian rhythms. The protein encodes a transcription factor of the basic helix-loop-helix (bHLH) family and contains DNA binding histone acetyltransferase activity. The encoded protein forms a heterodimer with ARNTL (BMAL1) that binds E-box enhancer elements upstream of Period (PER1, PER2, PER3) and Cryptochrome (CRY1, CRY2) genes and activates transcription of these genes. PER and CRY proteins heterodimerize and repress their own transcription by interacting in a feedback loop with CLOCK/ARNTL complexes. Polymorphisms in this gene may be associated with behavioral changes in certain populations and with obesity and metabolic syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2014]

Forensic Context

A study in *Calliphora vicina* demonstrated that the expression of the circadian genes *period* and *timeless* is cyclic in nongravid ovarian and head tissues, up-regulated during scotophase and down-regulated during photophase, and shifts in alignment with a reversed light/dark regime, correlating with a behavioral diel oviposition rhythm [George et al. DOI:10.1111/1556-4029.12585]. In forensic molecular pathology, biological/circadian clock gene expressions are applied as mRNA markers for estimating the time of death and investigating the circadian background behind drug toxicity and sudden death in human cases [Maeda et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2014.01.002].