Basic Information

Symbol
ADAMTS9
RNA class
mRNA
Alias
ADAM Metallopeptidase With Thrombospondin Type 1 Motif 9 KIAA1312 A Disintegrin-Like And Metalloprotease (Reprolysin Type) With Thrombospondin Type 1 Motif, 9 A Disintegrin And Metalloproteinase With Thrombospondin Motifs 9 EC 3.4.24.14 EC 3.4.24.82 EC 3.4.24.- ADAM-TS 9 ADAM-TS9 ADAMTS-9
Location (GRCh38)
3:64515654-64688000
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_182920.2
Sequence length
7624.0 nt
GC content
0.4840

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2474.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -2612.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1592.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001318781.2 NCBI
ACAGGGCGCCCGGCGCGCCUCGGAGCGCAAGUUCCUCGCCUUCUCCUGC… 7540 nt 0.4863
NM_182920.2 NCBI
ACAGGGCGCCCGGCGCGCCUCGGAGCGCAAGUUCCUCGCCUUCUCCUGC… 7624 nt 0.4840
Summary

This gene encodes a member of the ADAMTS (a disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs) protein family. Members of the family share several distinct protein modules, including a propeptide region, a metalloproteinase domain, a disintegrin-like domain, and a thrombospondin type 1 (TS) motif. Individual members of this family differ in the number of C-terminal TS motifs, and some have unique C-terminal domains. Members of the ADAMTS family have been implicated in the cleavage of proteoglycans, the control of organ shape during development, and the inhibition of angiogenesis. This gene is localized to chromosome 3p14.3-p14.2, an area known to be lost in hereditary renal tumors. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms that may undergo similar proteolytic processing. [provided by RefSeq, Jan 2016]

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the ADAMTS9 gene was upregulated in the prefrontal cortex as part of the extracellular matrix organization pathway in sepsis [Pinheiro da Silva et al. DOI:10.1111/jcmm.17938].