Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001010905.3
Sequence Length
1203 nt
GC Content
0.3824
AGCUCUGGCACAAUGGCUUUUCUUCCUUCCUGGGUUUGUGUACUAGUUGGUUCCUUUUCUGCUUCCUUAGCAGGGACUUCCAAUCUCUCAGAGACAGAGCCCCCUCUGUGGAAGGAGAGUCCUGGUCAGCUCAGUGACUACAGGGUGGAGAACAGCAUGUACAUUAUUAAUCCCUGGGUAUACCUUGAGAGAAUGGGGAUGUAUAAAAUCAUAUUGAAUCAGACAGCCAGGUAUUUUGCAAAAUUUGCACCAGAUAAUGAACAGAAUAUUUUAUGGGGGUUGCCUCUGCAGUAUGGCUGGCAAUAUAGGACAGGCAGAUUAGCUGAUCCAACCCGAAGGACAAACUGUGGCUAUGAAUCUGGAGAUCAUAUGUGCAUCUCUGUGGACAGUUGGUGGGCUGAUUUGAAUUAUUUUCUGUCUUCAUUACCCUUUCUUGCUGCGGUUGAUUCUGGUGUAAUGGGGAUAUCAUCAGACCAAGUCAGGCUUUUGCCCCCACCCAAGAAUGAGAGGAAGUUUUGUUAUGAUGUUUCUAGCUGUCGUUCAUCCUUCCCUGAGACAAUGAACAAGUGGAACACCUUUUACCAGUAUUUGCAGUCACCUUUUAGUAAGUUUGAUGAUCUGUUGAAGUACUUAUGGGCUGCACACACUUCAACCUUGGCAGAUAAUAUCAAAAGUUUUGAAGACAGAUAUGAUUAUUAUUCUAAAGCAGAAGCGCAUUUUGAGAGAAGUUGGGUACUGGCUGUGGAUCAUUUAGCUGCAGUCCUCUUUCCUACAACCUUGAUUAGAUCAUAUAAGUUCCAGAAGGGCAUGCCACCACGAAUUCUUCUUAAUACUGAUGUAGCCCCUUUCAUCAGUGACUUUACUGCUUUUCAGAAUGUAGUCCUGGUUCUUCUAAAUAUGCUUGACAAUGUGGAUAAAUCUAUAGGUUAUCUUUGUACAGAAAAAUCUAAUGUAUAUAGAGAUCAUUCGGAAUCUAGCUCUAGAAGUUAUGGAAAUAACUCCUGAAACAUUUAACUUCAAACUUCAGGAAAUGAUUAAUGAAUUAAAAAUGAAAAACUCGAACUUGACAAUCAGUAAUUUCAAAAAAUUAAUGUCAUCAUGACCAUGUAGUUUAUUCUUUCUGAUAUUUUUGAUUUAUGCUUAUUUGUUAAGAUCUUGUACAUGUAUUAAAAACUUAAAUUAAAUGCAUUCAAGUUAAAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-289.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -316.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 474.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.......((((((((((((...((((.........))))((((.....((((((((.....))))))))...)))).(((...)))((((((....)))))))))))))))))).((((((......))))))))))))........(((((((((((((..(((((((((....))).........))))))..))))...((((((.....(((..((((((.....(((((...)))))(((...((((.......))))...)))((((((..((.(((((.((.(((...........))).)).))).)).))..))))))((((((......(((((.(((..(((((((.....((((((.(((((.(((((((((....))))).....((((((..((((((((((..((((((((((..((.((((((((.((((.(.((((.....)))).).)))))))))(((....)))...)))))..)).))))))...........(((((((.....(((((((((((.(((....)))...))))))..((((((....)))))).(((...(((((((.......((((..((((((.....)))))).))))....)))))))...)))........)))))..)))))))...))..)))))))))).)))))).....)))).)).))).))))))(((((..((.((((((....((((((((.........)))))).)).....))..)))).))..))))).........)))))))....))))))))......))))))....((((((((..........)))))))).....(((((..........))))))))))))))....))))))..((((..((((((....)))))).))))(((.((((((...........)))))).)))(((((((.....((((....)))).(((((....)))))(((((((................)))))))))))))).......................((.((((((((..(((((..((((((.....((((((....((..(((.....)))))....))))))))))))..).))))...)))))))).)).)))))))))......(((((.(((.......))).))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{({((({{.,,..((((((((((((...,,((({{,,{.{.{{{(((((..,,.,(((((((.....))))))))...))))||||..,)),)|||}|.,},}}}}}.))))))))))}).||||}}}||,||}||}}.}||||||||,,|,,(({{({(((((((,,(((((((({,,,.,,|,,,,.,{{{||||||..,,,..,,{{|,||,,.,|{{,,{({{{{|{{{.,((((,...|}}}},{|||,,{{{,{,,,,.,.,||,.|{{((({,(|{{{|((|{{|||,||||,......(((||(((|,|||,|||.|,|||||||({(({{....,}{|{{{,(((..(({{{{|||||,|((({({({{,{|||{||||||}}}.)))))}}}}}{{{{{,..||((((((((..{{||,,{|.|||{|,{{{(((((,(((({{.{{((,,...}}}}.}{}|},,))),|||....)))}}})}}|,.},,,||||||..,,,}}},,,||||||{,|,.||||},{|||||,|||,.,,)))...}}}}}}.,{{({||,.,,}}})}}.{({...(((((({.{{....((({..((((((.....)))))).))))...))))))))...}}},}},,|.||))}||,||.,,,,...}}..}))}}}}}}}.}}||||,..{{{{{{{{{{|||,||,|,,.{((({{({{,{{(((,...((((({({......,,,))}}}||||{,{.,},.||.....{{{{...)))).....,}}},))),}},),)))})),.,,,.)))))),,,,{(((((((.,,....,..)))))))).,,,..)))))}}..))}))))))))))}}})))}}.,},}}}}|}|{{{..((((((....}))))),||||(((.((((((...........)))))).)))||||,,{.....{(({....)))),(((((....)))))|((((((................))))))}.,,))}},||||,{{,,...,{,.....,,{{.{{((({{{,.{{{({..{{{{{{{{||{{{((({...,}}}.,},,}}}}},,}}....}))}}))))))),,},)}}),}})))))))).,}.}))}}||||,{{....,,,,...|,.,,}}})),.})))}.......
Back