Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001130850.2
Sequence Length
3695 nt
GC Content
0.3938
AGUCGGGCGGGCGGGGAAGUGCGGGCCGGGUCAACUGUCACCGGCUGCACCCGGGCUUCAGCGCCUCGCUCCCGCCCCUGGUAAACUUCCUGUUGUCGGGAGGCAGAUACCAGCUUUGUGACCAAUUCAGGAAAAUGCCUAACUGAUUUCUGGUUAGGAAUUGGGCGGUCGGAGCGUUCUGGAGUUCAAUGGAACCACCCCAAGCGCAGACUGCGUGCAGGCGCCGUAGUCGGCCCGCACCGGAGGGAUUCAAAGGUAGCACAGGCGGAGUGCAGCGGAGGCCCCUGCCGCUGCCGUCAUGCCGUUCCCGUUUGGGAAGUCUCACAAAUCUCCAGCAGACAUUGUGAAGAAUCUGAAGGAGAGCAUGGCUGUUCUGGAAAAGCAAGACAUUUCUGAUAAAAAAGCAGAAAAGGCUACAGAAGAAGUUUCCAAAAAUCUGGUUGCCAUGAAAGAAAUUCUGUAUGGCACAAAUGAAAAAGAGCCUCAGACAGAAGCAGUAGCUCAACUUGCUCAAGAACUCUAUAAUAGUGGGCUCCUUAGCACCCUGGUAGCUGAUUUACAGCUCAUUGACUUUGAGGGCAAAAAAGACGUGGCUCAAAUUUUCAACAAUAUUCUCAGAAGACAAAUUGGUACGAGAACUCCUACUGUUGAAUACAUCUGCACCCAACAGAAUAUUUUGUUCAUGUUAUUGAAAGGGUAUGAAUCUCCAGAAAUAGCUCUAAAUUGUGGAAUAAUGUUAAGAGAAUGCAUCAGACAUGAACCACUUGCAAAAAUCAUUUUGUGGUCGGAACAGUUUUAUGAUUUCUUCAGAUAUGUCGAAAUGUCAACAUUUGACAUAGCUUCAGAUGCAUUUGCCACAUUCAAGGAUUUACUUACAAGACAUAAAUUGCUCAGUGCAGAAUUUUUGGAACAGCAUUAUGAUAGAUUUUUCAGUGAAUAUGAGAAGUUACUUCAUUCAGAAAAUUAUGUGACAAAAAGACAGUCACUGAAGCUUCUCGGUGAACUACUACUAGAUAGACACAACUUCACAAUUAUGACAAAAUACAUCAGUAAACCUGAGAACCUCAAAUUAAUGAUGAACCUGCUGCGAGACAAAAGUCGCAACAUCCAGUUUGAGGCCUUUCACGUUUUUAAGGUGUUUGUAGCCAAUCCUAACAAGACGCAGCCCAUCCUAGACAUCCUCCUCAAGAACCAGGCCAAACUCAUAGAGUUCCUCAGCAAGUUUCAGAACGACAGGACGGAGGAUGAGCAGUUUAACGACGAGAAGACCUAUUUAGUUAAACAGAUCAGGGAUUUGAAGAGACCAGCUCAGCAAGAAGCUUAAUCUCCAAUAAACAUCUAUGUUAAAUCCAAAUUCAGCAUUUGCUGUUAGCUAUUCAGCAUCAGGCACUCUUAUUGAUUCAUGAGGAACAUUACUGCUAAUCUGCUGUUAAGUGAACGGUUUUUCAUUUUACCCUUUUGUUUUUCAGUCCAGGUUGGAGAUCGUAGCUGCUGCUGCUUGCACACUAGGGCACAUGUGGGCUUUCUCUUGAUCUUUGUGUCAUUUCAGAAUUCAAAGACUGUGCUACGGGAGUUCUGAACAUGGCUGGGUUCAUGAAGGCAAAUGUAUGGAUGAGAGUGUGGUUUAGGAAAGAGGGCACUGAUAUCAGAUUAGACCUAUGUGUUUGCACCCAUCUUUGUUGGCGAUCUGAGUGCAGUGUGGCAAGUGCACACCUGGCAUCCCUGCGUCAGAUCGCGCACCUUCAGGUCGCGCACCUUCGCUGAAGGAAGAUGACGCAGAGCUUUAUCUGAAAUCAGAGGGGAGCUAUCCAAAAUGGGAGUUUGGGGGCAGCUAAAGUUGACAUGCGAAUAAAUUGAUACUGAAACUUAGCAACUUCUUAAAAGUGUAAAGAAGCCUCAUAAGAUCAUAAGGAAAAUGUAUAUAUGCUUUUCACAGCUUUCUAGAAUUUUUUGACAUUUGAUUUUCUUGAGACUUGUAAACCUGGAUAUGUUGAAGGGUAUUUGUUAAUUUUACUUUUCAAAGAUACUUUAAAACAGUAGAGCUAGCAAUGACACCUUGCAUUUCAUUUCAACACUGCUUCAAGGUUUCUUUUGUAUAUAAUUCUUAGAAUGCUCAUUUCUUUUAAAUGGUUUAAUUUGUACAGCAGAGGAAUGUUAUUGUAGUAGUAUGUAACUAUUACCUAAUACUGAGUUUUUGCAAAAAACAAUGAAUGCUCAUAUGUAAUUGAAAUACUUCAGAUCACAUGAAAAUGCUGAUUUAACAUUUAAGUAUCACAGCAUUAAAAGAAAAAGAAAGUAAACCAGUCCUUUGUAUUCAGUUACCUAAUGGGGUGCCAUCAAUAAGCUGCGAUACAGCCCUGGAGCUCAGUCAGCCACACCUUCCUGCAUCCUAUUGGCCUUAUUCAUUUUAAAUGAGUUAAUGAAUCUGCCAGAUCUGUGAAUGAUAGAGAUUAUGCUAAAUUAAUGCUGAUUCUUUGUGUGUGUGGGAAAUCUCUGUAGAGCACCUUUUCUUUCUUAGACUAAGUAACCCAGUACAAUAGUUGUGAACUGAAUAAUUAAAACUUUGGCUUCUCUUAGGAAAAGACGACUUCCUAGUCAUAGGUGUCCUAUGGGGAAAUUUAUUUUUUUUAAUGUCCUGUUCCUUAAUGCUGCAAAUUAUCAGUAUUUAUAAAGUAACUGAUUUUGCACCACUUUUUUGUUACUGUGACCACGGCAGAACAAUGUCUUCUAGACUAUAUCUAUGUAAAGUUAUUAGAAUGGUAUCUGUUCAUUUUAGUGAUAUGAAGAUCACAACUAACAACUGACAAAUCAGAGUUUGCCAGUUCAAAUUCAGCAUGGCUGCAGCUGAUUAAGAAAUUGAUAUGAUUAUUCUUUGCUAGCCUCUCUUACUAAUGGAAUUAUAUACUGGCCAGUAAAAUGGGCCUCCCAAUUGCUGUUUCAGCAGGUUUUAAACCUUCAGGAACACCAGUUAGGAAAAUAGCUCCAGAAAAUAUAGAUAUAUUUUAUUUUUAUUAAAAUGGCAGUCUACAUCAUAAUUGGCAUUUCUCAAGACUGUCUUUACCAGAAUCUGUGUGAAAUAAGGCAAUCUAGUCUCCUUGAAAAAAAAAUCUCUUGGAUGUUUAGGAAGGAAGACUUGGCCGUGAUGUGGUGUCCUGGCUUUGUGGUGUAGUGCUGUGUGUAUGGAGUUAGUGUAAAAACAUGGAUUACACCAAGUGGAAGAAACGUCUUCUUGCCAAGCUCAUUCUUAGAACUUACACAUCUAGAACAGCUUCCACUUUGGCAGUGAGGUCGUAGCCUUUUAGGUGGAAGAAGUGAGGGUGCAGCGUGUCAGACACAACAUUCAUGUUACUCUUACAUUGGAAUCUGAAGGUAGUUCAGACUUCGUGGGUUUUGUUUUUAAGCAAAACAAUGUGAAAACAUUUAAGUUUGAAAUGUUGCAUUUGAAGUUAUGAUCAUUUAAUAUAUUCAUAUUACCAAGACUAUUAUACUGGAAGUGGUUUUUGUGUUAUAAAGGUUUAAUUUUACAUAAGGCAGUUACUUAAUGUGAUUUUUAACCCUUAAAAAAGUGGAGAUGUAUACAUUUGUUAACAAUGCCAUGAAAGCAUUUUCUUUCUCCUAAGGAAAAGUGAAUUUCUUAUCAGAAUAUCUGGCUGGCCCUGUAAUUUAAAUUAAAAUAAAAUUUUGGAGAAACAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-994.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1069.39
Frequency: 0.0000
Diversity: 1198.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((((((..((((((.(((((.(....).).))))))))))(((((((((((.....(((((((((((((((((..(((((((....)))))))....)))))).(((.((((((..((((............))))....)))))).)))..)))))...))))))..)))))))))...)).....)))).......(((((((.((....))))))))).)))))).)))((((((((((...((((((((((((((..(((((((((....)).)))))))..)).)))).(((((....)))))...................((((((.(((...(((((((((((..((((((((((((((.......(((((((((((........(((((.....(.((((.((.((((((((......))).(((((((..(((...))).)))))))....((((((.(((((.(.......((((((......)).))))...(..(((.....(((((((((..(((((((....)).))))).....))))))))).....)))..).........).)))))...)))))).((((..(((....)))...))))......))))).)).)))).)......)))))(((((((((((((...))))).)))).......)))).........))))))).).))).....((((....(((((..((.......)).)))))...))))((((((((....))))))))))))))))))..)))).)))))))))))...))).))))))......(((((((((((((((((((....((((.((((((((((((((..(((........)))...)))...)))))))))))((((((((((....(((((((((.......)))))))))...(((((.((((..((..(((((.........)))))..))..)))).)))))(((((..((((...(((((.((.((((.......((((...(((((...((((.(((((.(((((((((...((((.......(((((........))))).)))).)))))))))..))))).))))....))))))))).(((..((((((.....((((..((((((...((((...(((((.(((((.(((((.((((...))))(((((.((..(((.......)))..).).)))))......(((((((....((.....)).....))))))).(((((((((((..((((((..(((((((((.(.((((..(((((((((.((((....))))...........((((....))))...(((....)))(((((.........)))))...(((((((((.....((......)).((.(((((((......))))))).)).....)))))))))......)))))))))...)))).))))(((((........)))))....)))))).)))))))))))))).)))..((((((((((.....((((...))))))))))))))..))))).))))).)).)))...))))..))))).)..))))..)))))).....))).(((((.((((((.(((.((.(((((.......(((((((.((((((((((((.(((((.(((.((.((....)).)).)))..))))))))))))(((((((....))).))))......))).)).)))))))))))).)).))))))))).)))))...(((((((((((...))).(((..(((((((((.((((.((((((((((......((((((((((((((((.....(((((..((.((......))))..))))).......(((((.(((....))))))))..(((.((((((((((.....(((...((...(((((((.(.(((.....((((.((((..((((((..((((((.((((((((((.((((...)))).))).))))))).))))))..)).)))))))))))).....)))..).)))))))..))...)))....))))).))))).)))((((((((((((((......)))))......))))))))).....((((((((.....))))))))......)))))))))........(((((((....)))).)))...((((....))))((((((((....))).))))).........))))))).((((((((..(((((((((((((((((((....((((((((((((.....((((....)))).....))))).)))))))..)))).(((.....)))......(((((((((.(...((((...(((((((...........)))))))..))))............(((((((.(..((.........))..).)))))))).))))))))).(((((((((.((((((......((((...(((((....((((.....(((((((.......))))))).....)))).....)))))...)))).((((....))))..)))))).)))))))))..)))))))))))).........))).))))))))(((((..((((((((((...)))).))))))))))).........(((((.((((.......))))))))).((((((((((.....))))......(((((((((((((.......)))))))))))))..))))))..........(((((.(((((....))))).))))).....(((((.((....)))))))........))).)))).)))..))))))).))).)))..)))................((((.........))))(((.(((((.((((((.(.(((((...))))).).)))))).))))).)))..))))))))....((((.(((((.....))))).)))).....((((((((......................))))))))((((((((...))).)))))....(((.....(((((((((.........((((...)))).......)))).)))))..))))))).)).)))))))))....)))))))))))))))(((((.(((((.........(((((((((.........((((((((.....))))).))).(((((((((((...(((.(.(((((((((..(((.(.((((((....)))))).).))).)))))))))))))...)))))))).)))((((...))))...))))))))))))))))))).(((.((((((.....)))))).)))))))((((((((....))))))))(((((....)))))..............)))))))))))))))).)))..((((((....))))))..(((((((((........)))))))))))))))))...((((.((..(((((((((.......))).))))))..)).)))).........((((...(((..((....))..)))...))))(((((......)))))(((...)))....))))))))))..((((...))))((((...((.(((...................))).))...)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{((((((((((((..(((((({(((((,(,.,,|.,.})))}))}))}}||{||{{{{,||,||||||||||||((((({..{((((((..,,||}||||,...}}}}}),|||.||||,,..|))|))},,..((((((({.....}))))))).}},})||||,,|}|}}||,}|||}||||...|},,,..,})}..,,,,.(((((((.((....))))))))),)))))),)}}((((((((({..,((({{,{.((((((..((((((({(....)).)))))))..)).)))).{((((....))))}.,,,,,,,..(((((..,|((,,{|.||,.,,{||||{{|||||.{{{{(((((((((,....,|,{|||{((((((........{||||,..,,{,{({{.{{.{{{{|{{{....,,})}.{(((({(..(((...}}}.}}))))|,,,,(({{{{.(((((.{.....{.{(({{{.,,,..}}||||||..(..(((.....{((((((((..((((({(....}}.))))).....))))))))).....))),,).........}.)))))...}}}|||,{{.{.,((({....,|....,}},...}})))}}.}),}))),),,{,,,|||}|((,,{((((({{,.,,))))|,}}}}..,....||||..,,,,,{{|||}|||,|,|||.....((((,...{((((,.(({{{..{,|},|||}|{..||||,{((((({....}))))))})}))}}))))},.))).,)))))}}|||{{.||,.,}}}))..,,..{((((((((((((((((({....((((.((((((({..........{(((.({.{(((({..,{{({{{,,{{,,(((((((((({(.{{{{(((((((({.......}||||||||..{(((((.((((..((..(((((.........)))))..))..)))).)))))},{{,,..,,,.,}|,,,,...,{{{{{,,,{{,{{{{,.,(({{{...((((.(((((.(((((((((...((((.......(((((........))))).)))).)))))))))..))))).))))....}))))}}||,(,{..,,||{,,,{,{{({(,{((((((,,,{(((,,,(((({.((({{.((({{,((((...))))|{{{{.{{..{{{.......}}}..),,,)))))}}|{,,((({{((,,..{,..,,,||.....}}}||||,(({{((((({{,,((((((,,((((((((({{.,(((..(({{{{{{{.{(({....}))}........,,,.|||.,,|)})}..,|||...||||{...{||,.,,.,,,,|,,..,|||||{{{,..,.,||,.....)),|,.,|||{{,.,}},,))))},,..)}}},}))))),,)},...}})))}}})}),}})))),))|||||,,||...,,,)))},...,)))))).)})))))}}}}))),)))..((((((((((.....((({...})))))))))))))..||||},|||||,|}||||,..}}|}..|||||.|.{||||{{|||||({(({{{{|.({(((.(((({,,,{,.{,.|||||,.,..,,|{|||||.|||{{(((((((.(((((.(((,({.((,,..}}.}),)))..|}|||})))}}}||({(((....))).))}}.,{{{{.,,}))})}}),))))))),{|{|||,||||,.,,)))}..}}}})}..(({...}))((((((.(((((.((({{{(((..,,,,(((.....)))....,,.))))))))..((((((,...,..,.}}}}}),,|,,|,,||,,..,{{(({{{.((,,,,.|}||||||..(((.((((((((((.....(((...((...(((((((.{.(((.....((((.((((..((((((..((((((.((((((((((.((((...)))).))).))))))).))))))..)).))))))))}))}.....)))..}.)))))))..))...)))....)))))}})))).))){{(((({{{,{||{|.....,||||,.,,,{|||||}}||,{{..((((((((.....))))))))..,}}},{({((,{{{,|,....,|,,|||..}})))|{|||..{{({{....})))},},}}})}..{(((((({{{{{{...,}}}))....)))))))....},,,,,},,,}}}.,},..,,}}}(((((((((((.....((((....)))).....))))).))))))))))).))))))....,))}})}}.||{||{|||,|,,|{{||,,,(((((((...,,,,,,,.})))))),,))))},{{{,|,....{||{{((,{..((.........))||},})}}))}},}}})}}|||.{((((({((.{{{{{{..,||,|{{|,,,|{{{(.,..{{({.....{{(((((.......})}}))}.....}))),}),,)}||||,,}}},.{{{|,,,,))}|,,|||}}},))))))))),,,}}}}}.....}))))..,}})))),.,}||}{|||||..{{{{{|||{,...,))),,)))))}))))).,......{((((.((((.......))))))))).((({...})}}{{{{{{{{{{{...{((((((((((((.......))))))))))))).,|,,,}}}}........{((((.(((({....))))).))))}.....{((({.{(,,,,}}|}}||.{{{,...,,,,,.,,}}},,))|||||{,|||...,........|||.,,,......|||{|}},,..|{|||,(((.(((((.((((((.{.(((({...})))).}.)))))).))))).)))...,})}}}}}....|||}}||}}}}.,,||,,,....}}}}}}((((((({.........,||,.........}))))))){(((((((...))).))))}....})))}).}}))))))))))}.........{{{{((((((.(((({((((,((((((((.,.(((((....(((..(((...(((((((((.((((((...{{.,.....).)}...)))))))))))))))))))))....))))).....)))))).)).)))))....)))).))))))))}....(((((((((.,,....(((({....)))))..)))))))))..((((((((({((,((({........})}}.},)))}))))))))...{((,((((((.....)))))).)))))))((((((({....}))))))),{{{{...,|||||,.......},}}}})))))))))))))))).))}..||||||.,,,}}},||,.{{|{||||{....,,,.})))))))}|)}}|}}|,{,(({{.{(..(((((({((,......))).,)))))..)}.))))}}}......}})|))))||,,.|}}}}}}...,,.||}}}}|..,}}}||||||||},,,.,})))},..))))))))))..{{{|...))))|||{.,,{(,({{{{{,...........,,.,))),)}...)))).
Back